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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatacagatgttcaattatctgttttgattgtgtgggcattgtcttaattttgatatcatcatttctggtgaaaggtaaaaaggaatgatgtttgtgtgaaatctgactgttgttttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGTTCTTTCTTGCCTATTGTGAGGGAGAAGCCAACTGTTGAACTTGTAAAGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G14640.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G14640.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os08g06560.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtaatacagatgttcaattatctgttttgattgtgtgggcattgtcttaattttgatatcatcatttctggtgaaaggtaaaaaggaatgatgtttgtgtgaaatctgactgttgttttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGTTCTTTCT----TGCCTATTGT---GAGGGAGAAGCCAACTGTTGAACTTGTAAAGG
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---------------------atggctgcagtttgttgtccctgactc--cttgtatatgtttatcgaaggt-attgtcttctagatctggttttgagcttgattgtgctagctcttgtgtc--agGCTGGTGATTCCACTGCCGAGGAGCTTGCCACTGCCACCCAGGTCCAGGGTGATTAATTACATGCCTATTGCTCGCGGTGAGAAGCGCTCGGTTGAGGCT-------

upper sequence: GLYMA04G14640.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT5G23900.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gtaatacagatgttcaattatctgttttgattgtgtgggcattgtcttaattttgatatcatcatttctggtgaaaggtaaaaaggaatgatgtttgtgtgaaatctgactgttgttttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGTTCTTTCTTGCCTATTGTGAGGGAGAAGCCAACTGTTGAACTTGTAAAGG
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-----------------------gtatcaatcatttgag----atcttagttagagtagtat-atttgagacaccctcttgattcttgagttcttgttataacaattttgtatcttttgttttcagGCTGGTGATTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCAATGCTACTCAAGTTCAAGGTGATTACATGCCAATTGCCAGTGTCAAGGCAGCTATGGAGCTAGTTAAGC

upper sequence: GLYMA04G14640.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv14s0006g00820.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtaatacagatgttcaattatctgttttgattgtgtgggcattgtcttaattttgatatcatcatttctggtgaaaggtaaaaaggaatgatgtttgtgtgaaatctgactgttgttttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGTTCTTTCTTGCCTATTGTGAGGGAGAAGCCAACTGTTGAACTTGTAAAGG
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gtaagtctaa-gttgaataat---tttaaattgtaattttaacaact--actttcttgtta-cactttccatgcttattttaaa------acctctgtataaattttcaatgttac--------agGCTGGCGATTCTAGTGTGGAGGAGCTTGCAACTGCAACACAGGTTCAAGGTCTTTACATGCCTATTGTCAGGGAGAAGCCAACTGTGGAGCTTGTGAAGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15814215|gb|BI786490.1|BI786490
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|209705860|gb|BW675965.1|BW675965
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|20814298|gb|BQ298776.1|BQ298776
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|18734388|gb|BM528153.1|BM528153
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|6724689|gb|AW309022.1|AW309022
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|23732733|gb|BU764538.1|BU764538
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|193546735|gb|FK501330.1|FK501330
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|26059098|gb|CA802012.1|CA802012
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|120533479|gb|EH261612.1|EH261612
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|254337989|gb|GR845452.1|GR845452
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|7286256|gb|AW598743.1|AW598743
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|15203036|gb|BI425804.1|BI425804
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|254341408|gb|GR855136.1|GR855136
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|6502182|gb|AW203555.1|AW203555
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|6133840|gb|AW132233.1|AW132233
EST:     CACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|19453465|gb|BM954875.1|BM954875
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|21678445|gb|BQ630796.1|BQ630796
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|38193701|gb|CF922907.1|CF922907
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|38192415|gb|CF921621.1|CF921621
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|4293744|gb|AI437949.1|AI437949
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|209709536|gb|BW681226.1|BW681226
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|209709537|gb|BW681227.1|BW681227
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|9900318|gb|BE609286.1|BE609286
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|15813220|gb|BI785495.1|BI785495
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|15285759|gb|BI469650.1|BI469650
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|22524921|gb|BU083732.1|BU083732
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|6073059|gb|AW102446.1|AW102446
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|6747093|gb|AW317549.1|AW317549
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|254337993|gb|GR845456.1|GR845456
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAAGTTAAA                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|8670219|gb|BE191326.1|BE191326
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|8827981|gb|BE211711.1|BE211711
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACNGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|7042619|gb|AW472513.1|AW472513
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAATGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|19268693|gb|BM884949.1|BM884949
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|21677230|gb|BQ629581.1|BQ629581
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|19268958|gb|BM885214.1|BM885214
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|7285386|gb|AW597873.1|AW597873
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|58019572|gb|CX706314.1|CX706314
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|16995671|gb|BM085043.1|BM085043
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|192315595|gb|FK007423.1|FK007423
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|254337994|gb|GR845457.1|GR845457
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|9901290|gb|BE610258.1|BE610258
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|11274510|gb|BF324863.1|BF324863
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EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCATATGCAACGCANGTCCAGCGT
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EST:     CATACAAGGGCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
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EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|6724586|gb|AW308985.1|AW308985
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
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EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCANATGCAACGCAAGTCCAGNGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
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EST: gi|6726002|gb|AW310401.1|AW310401
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
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EST: gi|58015231|gb|CX701973.1|CX701973
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genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAG
EST: gi|16347230|gb|BI972825.1|BI972825
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
EST: gi|15661801|gb|BI699172.1|BI699172
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAGAAGGTTAAGgtaatacaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgaaaggtaaaaaggaatgatgtttgtgtgaaatctgactgttgttttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGTTCTTTCTTGCCTATTGTGAGGGAGAAGCCAACTGTTGAACTTGTAAAGG
                                atctgac  putative branch site (score: 3)
                                         ttgtttt  putative PPT
                                         ttgttttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaatacagatgttcaattatctgttttgattgtgtgggcattgtcttaattttgatatcatcatttctggtgaaaggtaaaaaggaatgatgtttgtgtgaaatctgactgttgttttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACGCAAGTCCAGGGTTCTTTCTTGCCTATTGTGAGGGAGAAGCCAACTGTTGAACTTGTAAAGG

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC