1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ataatatttgttccaaggagaaagtttgatccctcaaatgtgtatatgcatggaataattctgtgaagttttttttcttattcttatgatactctcacagGACAAGAAGAAGACACAGCCGGTTAAGCAATCTGATACAAAGAGAACAAGAAGAGATCGGGGAGAGCTGGAGGATATAATGTTCAAGCTATTTGAAAGAC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G03030.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAATGAGGCCAATGCCTGGAATGATTGGTCTAGTTTCATCCAATTCTAAG GACAAGAAGAAGACACAGCCGGTTAAGCAATCTGATACAAAGAGAACAAGAEST: gi|193401525|gb|FK367990.1|FK367990
genomic: TAATGAGGCCAATGCCTGGAATGATTGGTCTAGTTTCATCCAATTCTAAGgtacataatg ... actctcacagGACAAGAAGAAGACACAGCCGGTTAAGCAATCTGATACAAAGAGAACAAGA
EST: AATGAGGCCAAATGCCTGGAATGATTGGTCTAGTTTCATCCAATTCTAAG GACAAGAAGAAGACACAGCCGGTTAAGCAATCTGATACAAAGAGAACAAGAEST: gi|192308908|gb|FK002132.1|FK002132
genomic: AATGAGGCC-AATGCCTGGAATGATTGGTCTAGTTTCATCCAATTCTAAGgtacataatg ... actctcacagGACAAGAAGAAGACACAGCCGGTTAAGCAATCTGATACAAAGAGAACAAGA
EST: TAATGAGGCCAATGCCTGGAATGATTGGTCTAGTTTCATCCAATTCTAAG GACAAGAAGAAGACACAGCCGGTTAAGCAATCTGATACAAAGAGA-CAAGA
genomic: TAATGAGGCCAATGCCTGGAATGATTGGTCTAGTTTCATCCAATTCTAAGgtacataatg ... actctcacagGACAAGAAGAAGACACAGCCGGTTAAGCAATCTGATACAAAGAGAACAAGA
atgcatggaataattctgtgaagttttttttcttattcttatgatactctcacagGACAAGAAGAAGACACAGCCGGTTAAGCAATCTGATACAAAGAGAACAAGAAGAGATCGGGGAGAGCTGGAGGATATAATGTTCAAGCTATTTGAAAGAC
tactctc CT-rich tract
ttttttttcttattct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ataatatttgttccaaggagaaagtttgatccctcaaatgtgtatatgcatggaataattctgtgaagttttttttcttattcttatgatactctcacagGACAAGAAGAAGACACAGCCGGTTAAGCAATCTGATACAAAGAGAACAAGAAGAGATCGGGGAGAGCTGGAGGATATAATGTTCAAGCTATTTGAAAGAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - ccaagga
- - - - - - - - - - - - - - -tccctca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttctgtg