1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtatgctatgacctaaaataggttgatcccttttacactgtaaacgttgctcttgaacaccaaaatatatgcctgaccatttcaaatgattgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGGAAGTGAGGGAACTGGTAGAGAGAGCATATTCTAGGGCAACACATATTA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G02100.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|209723842|gb|BW675213.1|BW675213
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|120494712|gb|EH222879.1|EH222879
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|214009003|gb|DB984563.1|DB984563
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: TCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGA-TACTTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCEST: gi|214008784|gb|DB989600.1|DB989600
genomic: TCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTAC-TCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGC
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|120494290|gb|EH222457.1|EH222457
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|209720268|gb|BW674610.1|BW674610
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|209708483|gb|BW668315.1|BW668315
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|214006452|gb|DB990682.1|DB990682
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|120494704|gb|EH222871.1|EH222871
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|209698096|gb|BW661039.1|BW661039
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|213590679|gb|DB975562.1|DB975562
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|192306887|gb|FG999934.1|FG999934
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|120494410|gb|EH222577.1|EH222577
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACEST: gi|209722698|gb|BW657952.1|BW657952
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTAC
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|209707248|gb|BW670579.1|BW670579
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|120495954|gb|EH224121.1|EH224121
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|209716348|gb|BW684792.1|BW684792
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|120494718|gb|EH222885.1|EH222885
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCCEST: gi|7795753|gb|AW781150.1|AW781150
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|209709685|gb|BW657214.1|BW657214
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|214008460|gb|DB986721.1|DB986721
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|120495724|gb|EH223891.1|EH223891
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGEST: gi|9984609|gb|BE658717.1|BE658717
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|208128293|gb|GD921293.1|GD921293
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|209727706|gb|BW658443.1|BW658443
genomic: GGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|209710129|gb|BW681069.1|BW681069
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|120529263|gb|EH257397.1|EH257397
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|120494207|gb|EH222374.1|EH222374
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|120493960|gb|EH222127.1|EH222127
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|120493985|gb|EH222152.1|EH222152
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|192306886|gb|FG999933.1|FG999933
genomic: GGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|16282177|gb|BI944877.1|BI944877
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|214007663|gb|DB986029.1|DB986029
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|214007949|gb|DB986496.1|DB986496
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|208315182|gb|GE112656.1|GE112656
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: CAAGTTGCCTATTTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|213589709|gb|DB982686.1|DB982686
genomic: CAAGTTGCC-A-TTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|209708811|gb|BW673873.1|BW673873
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|120495615|gb|EH223782.1|EH223782
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|214004256|gb|DB984730.1|DB984730
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|209697646|gb|BW663901.1|BW663901
genomic: GAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: ACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|213588152|gb|DB984239.1|DB984239
genomic: ACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAAT-CCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGCAAGACCTGTTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGEST: gi|214005731|gb|DB989757.1|DB989757
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
EST: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAG ATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
genomic: GACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatg ... tgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCG
gttgctcttgaacaccaaaatatatgcctgaccatttcaaatgattgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGGAAGTGAGGGAACTGGTAGAGAGAGCATATTCTAGGGCAACACATATTA
gcctgac putative branch site (score: 3)
aaaatatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgctatgacctaaaataggttgatcccttttacactgtaaacgttgctcttgaacaccaaaatatatgcctgaccatttcaaatgattgtaatgcagATGTCATCGCAAAAGGATTACTCCATGGCAACTGCGGATGTAGTGGATGCGGAAGTGAGGGAACTGGTAGAGAGAGCATATTCTAGGGCAACACATATTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA