Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgcaaattcctacttgctcacaccttctgtgcttatttttcaccaataatttcataatacatgttactcttcgggttcaatcatgatttttcataacatatctctcttcagattcaaataaattatttgggcatatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGGAGCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G38930.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192321048|gb|FK012416.1|FK012416
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|120534298|gb|EH262431.1|EH262431
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|120534123|gb|EH262256.1|EH262256
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|120534506|gb|EH262639.1|EH262639
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATANATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|209697177|gb|BW672942.1|BW672942
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|10232858|gb|BE801746.1|BE801746
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|213606521|gb|DB971317.1|DB971317
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|19271086|gb|BM887342.1|BM887342
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|120496123|gb|EH224290.1|EH224290
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|213608598|gb|DB967101.1|DB967101
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|120531123|gb|EH259256.1|EH259256
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|213617909|gb|DB967299.1|DB967299
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|15287169|gb|BI471060.1|BI471060
EST:     AAAATCCAGTCTCTCACCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACCCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|209708025|gb|BW657080.1|BW657080
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|17518618|gb|BM187660.1|BM187660
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAATTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|13562783|gb|BG551003.1|BG551003
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|209721697|gb|BW682538.1|BW682538
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|209701640|gb|BW673126.1|BW673126
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|213598124|gb|DB964155.1|DB964155
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|209715536|gb|BW682189.1|BW682189
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|151403281|gb|EV273091.1|EV273091
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|213594012|gb|DB961928.1|DB961928
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|120531139|gb|EH259272.1|EH259272
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|120530457|gb|EH258590.1|EH258590
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|15199948|gb|BI424091.1|BI424091
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|209723821|gb|BW682958.1|BW682958
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAAGT-GAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAA-GTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTG
EST: gi|209709384|gb|BW668340.1|BW668340
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|213601152|gb|DB964659.1|DB964659
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|209709945|gb|BW676517.1|BW676517
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|209728486|gb|BW663478.1|BW663478
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|209718791|gb|BW671992.1|BW671992
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|13252610|gb|BG363513.1|BG363513
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|11413480|gb|BF425491.1|BF425491
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|11413168|gb|BF425179.1|BF425179
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGC
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|213607233|gb|DB965119.1|DB965119
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|10232367|gb|BE801255.1|BE801255
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|20811439|gb|BQ295917.1|BQ295917
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|22541846|gb|BU091689.1|BU091689
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|209715908|gb|BW650921.1|BW650921
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|6134475|gb|AW132868.1|AW132868
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|5058545|gb|AI737021.1|AI737021
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|213589232|gb|DB957764.1|DB957764
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
EST: gi|209721137|gb|BW665694.1|BW665694
EST:     AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATG                         GACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG
genomic: AAAATCCAGTCTCTCAGCAGAGGGATTTGATGTTGTTTATGACATAAATGgtgtgcaaat ... tatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttcataacatatctctcttcagattcaaataaattatttgggcatatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGGAGCA
  tcataac  putative branch site (score: 2)
                  ttcagattcaaataaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgtgcaaattcctacttgctcacaccttctgtgcttatttttcaccaataatttcataatacatgttactcttcgggttcaatcatgatttttcataacatatctctcttcagattcaaataaattatttgggcatatgtttcagGACGCGAGGCAGATGAAGTTGAACCCATACTGGATGCTCTGCCTAATCTGGAGCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA