1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ggatcgttcctaatagattgaacattcttgttaactgattttcttaaaaaattcatctcaatcttgtactctaatgaattaatggttgaactgaatccagTGATCTATTGGGGCCACTAAGAAGGACAAATGAAGCTTGTCGAACATACTCGGAAGCATGTTTGGAGCTATGCCACGAGATGAATGTGAAAGCCATTGAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA03G07880.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCAGTTCCCCTCCCATCAATGAGGTGCAAATGCATGAAACTCTCAG TGATCTATTGGGGCCACTAAGAAGGACAAATGAAGCTTGTCGAACATACTCEST: gi|5510115|gb|AI856499.1|AI856499
genomic: CTCAGTTCCCCTCCCATCAATGAGGTGCAAATGCATGAAACTCTCAGgttctgacta ... ctgaatccagTGATCTATTGGGGCCACTAAGAAGGACAAATGAAGCTTGTCGAACATACTC
EST: TTCCCCTCCCATCAATGAGGTGCAAATGCATGAAACTCTCAG TGATCTATTGGGGCCACTAAGAAGGACAAATGAAGCTTGTCGACCATACTC
genomic: TTCCCCTCCCATCAATGAGGTGCAAATGCATGAAACTCTCAGgttctgacta ... ctgaatccagTGATCTATTGGGGCCACTAAGAAGGACAAATGAAGCTTGTCGAACATACTC
aaaaaattcatctcaatcttgtactctaatgaattaatggttgaactgaatccagTGATCTATTGGGGCCACTAAGAAGGACAAATGAAGCTTGTCGAACATACTCGGAAGCATGTTTGGAGCTATGCCACGAGATGAATGTGAAAGCCATTGAT
aattaat putative branch site (score: 3)
tctaatgaattaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggatcgttcctaatagattgaacattcttgttaactgattttcttaaaaaattcatctcaatcttgtactctaatgaattaatggttgaactgaatccagTGATCTATTGGGGCCACTAAGAAGGACAAATGAAGCTTGTCGAACATACTCGGAAGCATGTTTGGAGCTATGCCACGAGATGAATGTGAAAGCCATTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - -gttccta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - taaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cttgtac