Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtcttttttggagcattttttttgtgatagatagtgaaaaaatggtagataattttggttgttattggtgactggatggtaatagtgtgttcggttggttacagTGACATGGCTTGCCATATAGATGGGTTCATTGCTGCTGTGGCACACACTCATGTTCTTCAGGAGGGGCCAGTTACAGGACGGGCAGCCGATGCTCTTGCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G07420.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G07420.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv08s0217g00020.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtaagtcttttttggagcattttttttgtg-atagatagtgaaaaa--atggtagataattttggttgttattggt--gactggatggtaatagtgtgttc--ggttggttacagTGACATGGCTTGCCATATAGATGGGTTCATTGCTGCTGTGGCACACACTCATGTTCTTCAGGAGGGGCCAGTTACAGGACGGGCAGCCGATGCTCTTGCA
|||||   | ||      |||| ||||  | || | |  |  |     |||||    ||  |||      |   ||  ||| || |  || |  || |||     ||   || |||||  ||| |||||| ||||||||||||||||| |  || || |||||||||||||||||||  |||||||| |  ||  | ||||| |||| |||||||
gtaagcactgttaaagctatttctttttagtatgggttatctatgcttatggttataaaagttgaaaccaagcagtatgacaggcttttattgatgagtttttatttaaatatagTGATTTGGGTTGCCACATAGATGGGTTCATTGCAGTAGTTGCGCACACTCATGTTCTTCAGGGAGGGCCAGTGATGGGTAGAGCAGCTGATGTTCTTGCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213616512|gb|DB965710.1|DB965710
EST:     CCTCTTGCCAGTGATGAAACAGTGTTGGAAGATGGTGATATAGTGAAAAT                         TGACATGGCTTGCCATATAGATGGGTTCATTGCTGCTGTGGCACACACTCA
genomic: CCTCTTGCCAGTGATGAAACAGTGTTGGAAGATGGTGATATAGTGAAAATgtaagtcttt ... ttggttacagTGACATGGCTTGCCATATAGATGGGTTCATTGCTGCTGTGGCACACACTCA
EST: gi|14009221|gb|BG725825.1|BG725825
EST:     CCTCTTGCCAGTGATGAAACAGTGTTGGAAGATGGTGATATAGTGAAAAT                         TGACATGGCTTGCCATATAGATGGGTTCATTGCTGCTGTGGCACACACTCA
genomic: CCTCTTGCCAGTGATGAAACAGTGTTGGAAGATGGTGATATAGTGAAAATgtaagtcttt ... ttggttacagTGACATGGCTTGCCATATAGATGGGTTCATTGCTGCTGTGGCACACACTCA
EST: gi|192330310|gb|FK020580.1|FK020580
EST:     CCTCTTGCCAGTGATGAAACAGTGTTGGAAGATGGTGATATAGTGAAAAT                         TGACATGGCTTGCCATATAGATGGGTTCATTGCTGCTGTGGCACACACTCA
genomic: CCTCTTGCCAGTGATGAAACAGTGTTGGAAGATGGTGATATAGTGAAAATgtaagtcttt ... ttggttacagTGACATGGCTTGCCATATAGATGGGTTCATTGCTGCTGTGGCACACACTCA
EST: gi|7685524|gb|AW756172.1|AW756172
EST:     GCTCTTGCCAGTGATGATACAGTGTTGGAAGATGGCGATATAGTGTAAAT                         TGACATGGCTAGCCATATAGATGGGTTCATTGCTGCTGTGCCACACACTCA
genomic: CCTCTTGCCAGTGATGAAACAGTGTTGGAAGATGGTGATATAGTGAAAATgtaagtcttt ... ttggttacagTGACATGGCTTGCCATATAGATGGGTTCATTGCTGCTGTGGCACACACTCA
EST: gi|151393031|gb|EV262906.1|EV262906
EST:     AGTGTTGGAAGATGGTGATATAGTGAAAAT                         TGACATGGCTTGCCATATAGATGGGTCCATTGCTGCTGTGGCACACACTCA
genomic: AGTGTTGGAAGATGGTGATATAGTGAAAATgtaagtcttt ... ttggttacagTGACATGGCTTGCCATATAGATGGGTTCATTGCTGCTGTGGCACACACTCA
EST: gi|151408709|gb|EV278517.1|EV278517
EST:     CCTCTTGCCAGTGATGAAACAGTGTTGGAAGATGGTGATATAGTGAAAAT                         TGACATGGCTTGCCATATAGATGGGTTCATTGCTGCTGAGGCACACACTCA
genomic: CCTCTTGCCAGTGATGAAACAGTGTTGGAAGATGGTGATATAGTGAAAATgtaagtcttt ... ttggttacagTGACATGGCTTGCCATATAGATGGGTTCATTGCTGCTGTGGCACACACTCA
EST: gi|213591699|gb|DB969799.1|DB969799
EST:     CCTCTTGCCAGTGATGAAACAGTGTTGGAAGATGGTGATATAGTGAAAAT                         TGACATGGCTTGCCATATAGATGGGTTCATTGCTGCTGTGGCACACACTCA
genomic: CCTCTTGCCAGTGATGAAACAGTGTTGGAAGATGGTGATATAGTGAAAATgtaagtcttt ... ttggttacagTGACATGGCTTGCCATATAGATGGGTTCATTGCTGCTGTGGCACACACTCA
EST: gi|192299906|gb|FG991780.1|FG991780
EST:     CCTCTTGCCAGTGATGAAACAGTGTTGGAAGATGGTGATATAGTGAAAAT                         TGACATGGCTTGCCATATAGATGGGTTCATTGCTGCTGTGGCACACACTCA
genomic: CCTCTTGCCAGTGATGAAACAGTGTTGGAAGATGGTGATATAGTGAAAATgtaagtcttt ... ttggttacagTGACATGGCTTGCCATATAGATGGGTTCATTGCTGCTGTGGCACACACTCA
EST: gi|18726869|gb|BM523802.1|BM523802
EST:     CCTCTTGCCAGTGATGAAACAGTGTTGGAAGATGGTGATATAGTGAAAAT                         TGACATGGCTTGCCATATAGATGGGTTCATTGCTGCTGTGGCACACACTCA
genomic: CCTCTTGCCAGTGATGAAACAGTGTTGGAAGATGGTGATATAGTGAAAATgtaagtcttt ... ttggttacagTGACATGGCTTGCCATATAGATGGGTTCATTGCTGCTGTGGCACACACTCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taattttggttgttattggtgactggatggtaatagtgtgttcggttggttacagTGACATGGCTTGCCATATAGATGGGTTCATTGCTGCTGTGGCACACACTCATGTTCTTCAGGAGGGGCCAGTTACAGGACGGGCAGCCGATGCTCTTGCA
         ttgttatt  TA-rich tract