1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tttcttgtaaattaaaaaatgaatagatctctttgcataaaaacatacaagcacttcagagtattacattcatctatctaacactctcgagtctaagcagGAACAAATGGAGAAAAAGAAAGCCGAATATGGTGAAAAGATGAAAAACAAAATAGTCTTAGTTCACAAGCAAGCAGAGGAGAAGAGAGCAATGGTTGAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA03G01550.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGGAAAACAGCAAGATAGCAGCTCTTGGAGCTCAGCTGA-AAAAATTGAA GAACAAATGGAGAAAAAGAAAGCCG
genomic: GGGAAAACAGCAAGATAGCAGCTCTTGAAGCTCAGCTGAGAAAAATTGAGgtaaatattt ... gtctaagcagGAACAAATGGAGAAAAAGAAAGCCG
tacaagcacttcagagtattacattcatctatctaacactctcgagtctaagcagGAACAAATGGAGAAAAAGAAAGCCGAATATGGTGAAAAGATGAAAAACAAAATAGTCTTAGTTCACAAGCAAGCAGAGGAGAAGAGAGCAATGGTTGAAG
atctaac putative branch site (score: 2)
tattacatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttcttgtaaattaaaaaatgaatagatctctttgcataaaaacatacaagcacttcagagtattacattcatctatctaacactctcgagtctaagcagGAACAAATGGAGAAAAAGAAAGCCGAATATGGTGAAAAGATGAAAAACAAAATAGTCTTAGTTCACAAGCAAGCAGAGGAGAAGAGAGCAATGGTTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - -aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - -tgcataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caagcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctaacac