1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tgtttttctgtatcaagtagtgaataatttcagggtttggttgcctttcacgaggctaattatcatctttctaacatgcatacttcctctcttaatgtagGTGTGTACCAGCAACTGCAGGAGTTTGAGCAAAAGATCTATGGACCGATTGATAGTGGCAGCTCTGTGCCGCCTGGTTTCTTGCCTACAGCACCTTCAAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G43410.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
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tttcacgaggctaattatcatctttctaacatgcatacttcctctcttaatgtagGTGTGTACCAGCAACTGCAGGAGTTTGAGCAAAAGATCTATGGACCGATTGATAGTGGCAGCTCTGTGCCGCCTGGTTTCTTGCCTACAGCACCTTCAAT
catacttcctctctt CT-rich tract
taattatcatcttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgtttttctgtatcaagtagtgaataatttcagggtttggttgcctttcacgaggctaattatcatctttctaacatgcatacttcctctcttaatgtagGTGTGTACCAGCAACTGCAGGAGTTTGAGCAAAAGATCTATGGACCGATTGATAGTGGCAGCTCTGTGCCGCCTGGTTTCTTGCCTACAGCACCTTCAAT
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - -ttctgta
- - - - - - - - - - - - - - - - gggtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttgcct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cttcctc