Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtttttatgattttccattactaaacatatgttttaatttcctgttctcttatggaattctatttgctatctaaattttacatttgaacattttatactccaacttcatactatgcactggaacactttaggcttgtgtatttaatatctttaccatttctcatatctttagGCGATGGTGAACCAATGAAGATGTTTGATCGAACAGCTAATCTGGCTAATAACCAAATAATTAATTATCGTTGTGATCCTAATGAAAAGTGGTTGGTTTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G39360.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G39360.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv06s0004g06860.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
---gtgagtttttatgattttccattactaaacatatgttttaatttcctgttctcttatggaattctatttgctatctaaattttacatttgaacattttatactccaacttcatactatgcactggaacactttaggcttgtgtatttaatatctttaccatttctcatatctttagGCGATGGTGAACCAATGAAGATGTTTGATCGAACAGCTAATCTGGCTAATAACCAAATAATTAATTATCGTTGTGATCCTAATGAAAAGTGGTTGGTTTT
   | ||   | ||| |   ||| | | | ||||| |   ||  | |    ||  | ||||||||| |||| ||| |    ||||   | |  |   ||  | | |     ||  || |||          | |||  | ||| | ||||||| |  | |     ||| || | |  ||| |||  ||| ||  ||||||||||||| ||||| || |||||||  ||||| |||||||| || |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||
gcagggaacctctataac--tccctgaatcaacattttgctt--tctttattttacatatggaattttatt-gcttt----atttgttagtcaatatttcaagaataagcttttgtagtatttttatttttaattt--gtttg-gcatttaatgttctcattgcatcttatgtgt--agGTGATTCTGAGCCTGTGAAGATGTTTGAGCGAACTGCAAATCTGGTAAATAATCAAATAATCAACTATCGTTGCGATCCTTCTGAAAAGTGGTTGGTTTT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctggaacactttaggcttgtgtatttaatatctttaccatttctcatatctttagGCGATGGTGAACCAATGAAGATGTTTGATCGAACAGCTAATCTGGCTAATAACCAAATAATTAATTATCGTTGTGATCCTAATGAAAAGTGGTTGGTTTT
                      atttaat  putative branch site (score: 4)
                                       tttctcatatcttt  putative PPT
                     tatttaatatctttac  TA-rich tract