1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...actagtgacagtaacttctgaacctgtagatacgcacttgaaaactgtttttaattagcttatctgtaataatgtttcacactgtatgtctgtcttgcagAAGACTGAGGATGATTCAGCTGCAAATCGATCATCAGTGTCTGAATTTGGGGATGACAATTTTGCTGTTGGGAGTTGGGAGCAGAAAGAAGTAATGAGCC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G35010.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGATTATGATCGCAGACAGCTTAGCTCTGATGAATCCCTTTCACTTGGG AAGACTGAGGATGATTCAGCTGCAAATCGATCATCAGTGTCTGAATTTGGG
genomic: TTGATTATGATCGCAGACAGCTTAGCTCTGATGAATCCCTTTCACTTGGGgtaagaattt ... tgtcttgcagAAGACTGAGGATGATTCAGCTGCAAATCGATCATCAGTGTCTGAATTTGGG
tgtttttaattagcttatctgtaataatgtttcacactgtatgtctgtcttgcagAAGACTGAGGATGATTCAGCTGCAAATCGATCATCAGTGTCTGAATTTGGGGATGACAATTTTGCTGTTGGGAGTTGGGAGCAGAAAGAAGTAATGAGCC
ttttaat putative branch site (score: 3)
tctgtctt putative PPT
ttatctgtaataat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| actagtgacagtaacttctgaacctgtagatacgcacttgaaaactgtttttaattagcttatctgtaataatgtttcacactgtatgtctgtcttgcagAAGACTGAGGATGATTCAGCTGCAAATCGATCATCAGTGTCTGAATTTGGGGATGACAATTTTGCTGTTGGGAGTTGGGAGCAGAAAGAAGTAATGAGCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - -ctgaacc
- - - - - - - - - - - - - - - tacgcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttcacac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtatgt