Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagactttgtgttacatgatgtgctacatttatttagaaaatgttgtagctcccatttaatgtaattttcttatgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G33320.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G33320.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv06s0004g04700.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
--------------------------------------------------------------gtaagactttgtgttacatgatgtgctacatttatttagaaaatgttgtagctcccatttaatgtaattttcttatgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG
                                                              | |||   |  | || ||  | |    |  ||| |||  ||||||  | |   | |    ||     |||  | |     | ||||||  ||||||| || ||| | |||||||| |||||||  |||||||| |||||||||||||| |||
gtaagcataagcagttttgcatactgtaacttattgaaaaaaacctgttttgtacgaggcatgaaagctatctttttccagtaagcttcagttttctttgcaaaatgaggaacaacactgagaactccttttgttcacatcaacagGAACCGTAGCTGGAGTATATGTGGGAATGGAGTATGGGGCGGAGAGGATTCGTGGCACCAGAGACTGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213600861|gb|DB968825.1|DB968825
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|213590361|gb|DB971523.1|DB971523
EST:     TTGAAGGAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|31561930|gb|CD487768.1|CD487768
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|209710522|gb|BW662058.1|BW662058
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|7639460|gb|AW733782.1|AW733782
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|192334661|gb|FK025880.1|FK025880
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|10255267|gb|BE823033.1|BE823033
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|193547133|gb|FK502428.1|FK502428
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|209710523|gb|BW662059.1|BW662059
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATCTTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|17023100|gb|BM094134.1|BM094134
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|46492865|gb|CN472421.1|CN472421
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|192334662|gb|FK025881.1|FK025881
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|214006081|gb|DB986005.1|DB986005
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|298170437|gb|HO019061.1|HO019061
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|192314746|gb|FK005986.1|FK005986
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|209713426|gb|BW679241.1|BW679241
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|209703490|gb|BW683351.1|BW683351
EST:     TTG-AGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|208178822|gb|GD979615.1|GD979615
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|209722595|gb|BW679844.1|BW679844
EST:     TTG-AGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|192314745|gb|FK005985.1|FK005985
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|209706732|gb|BW676046.1|BW676046
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|209703489|gb|BW683350.1|BW683350
EST:     TTG-AGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|209706733|gb|BW676047.1|BW676047
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|209722594|gb|BW679843.1|BW679843
EST:     TTG-AGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|193381913|gb|FK348442.1|FK348442
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|6915982|gb|AW397512.1|AW397512
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttatttagaaaatgttgtagctcccatttaatgtaattttcttatgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG
                           atttaat  putative branch site (score: 4)
                                      ttttcttat  putative PPT
                           atttaatgtaattttc  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagactttgtgttacatgatgtgctacatttatttagaaaatgttgtagctcccatttaatgtaattttcttatgcttatagGAACTTTAGCTGGTGTTTATCTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT