Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgtttggttattttgatttcatgacctgtaccatcaattgctattatatttctgtcttctattgttggagacttgaatgtttcataatactaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGTGCAGTACTAAGCATTCGTTTCAACGAGGATATATTGAGTGTCTGGAATC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G08010.3
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G08010.3 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv08s0007g07290.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
-ttgtttggttattttga---tttcatgacctgtaccatcaattgctatta-tatttctgtcttctattgttggagacttgaatgtttcataatactaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGTGCAGTACTAAGCATTCGTTTCAACGAGGATATATTGAGTGTCTGGAATC
  | | | |  ||||| |   || || ||  |   |  | | |||  | || |  ||||   || |||||  | ||  |||||  | ||       ||| |||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||
catttatagacattttaacacttacaagatattgccatttagttgtaaatactgcttctcctttatattg--gaagtattgaagctgtctc--cgataa-tgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGTGCTGTACTAAGCATTCGTTTCAATGAAGATATATTGAGTGTGTGGAATC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254324094|gb|GR840519.1|GR840519
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|18039755|gb|BM308049.1|BM308049
EST:     AGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: AGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|254326145|gb|GR840737.1|GR840737
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|193385011|gb|FK351493.1|FK351493
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|8284610|gb|BE022169.1|BE022169
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|120531526|gb|EH259659.1|EH259659
EST:     TTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACAAATGTGGT
genomic: TTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|193687517|gb|FK627440.1|FK627440
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTT-GGGAGGACCTG                         GGTTCTTGCCTTGGTGG
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagG-TTCTTGCCTTGGTGG
EST: gi|14991130|gb|BI316803.1|BI316803
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATTAA-ATATGTGG
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGAT-AACATATGTGG
EST: gi|254324773|gb|GR834198.1|GR834198
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCG-TTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGG
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTC-TTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGG
EST: gi|120496098|gb|EH224265.1|EH224265
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|298163689|gb|HO012422.1|HO012422
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|19452727|gb|BM954137.1|BM954137
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatatttctgtcttctattgttggagacttgaatgtttcataatactaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGTGCAGTACTAAGCATTCGTTTCAACGAGGATATATTGAGTGTCTGGAATC
                               aatgtttcataata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttgtttggttattttgatttcatgacctgtaccatcaattgctattatatttctgtcttctattgttggagacttgaatgtttcataatactaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGTGCAGTACTAAGCATTCGTTTCAACGAGGATATATTGAGTGTCTGGAATC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
ttgtttg
- - - - - - - - - - catgacc
- - - - - - - - - - - - - - - -ccatcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttggag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgaatgt