Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgtttggttattttgatttcatgacctgtaccatcaattgctattatatttctgtcttctattgttggagacttgaatgtttcataatactaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGTGCAGTACTAAGCATTCGTTTCAACGAGGATATATTGAGTGTCTGGAATC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G08010.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G08010.3 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv08s0007g07290.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
-ttgtttggttattttga---tttcatgacctgtaccatcaattgctatta-tatttctgtcttctattgttggagacttgaatgtttcataatactaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGTGCAGTACTAAGCATTCGTTTCAACGAGGATATATTGAGTGTCTGGAATC
  | | | |  ||||| |   || || ||  |   |  | | |||  | || |  ||||   || |||||  | ||  |||||  | ||       ||| |||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||
catttatagacattttaacacttacaagatattgccatttagttgtaaatactgcttctcctttatattg--gaagtattgaagctgtctc--cgataa-tgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGTGCTGTACTAAGCATTCGTTTCAATGAAGATATATTGAGTGTGTGGAATC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7326526|gb|AW620324.1|AW620324
EST:     GGATTATACGATTCANAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|11687403|gb|BF595079.1|BF595079
EST:     GGATTATACGATTCANAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTNTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|9565360|gb|BE474869.1|BE474869
EST:     GATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCCTCTG-CCGTTTNTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGGTGG-TGACCAATTGGAT
genomic: GATTATACGATTCAAAAAGGTTGTC-TCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGG-TGGGTGACCAATTGGAT
EST: gi|18041218|gb|BM309512.1|BM309512
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGGGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATTACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|15662834|gb|BI700205.1|BI700205
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGAT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGAT
EST: gi|151412337|gb|EV282149.1|EV282149
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|17401526|gb|BM178308.1|BM178308
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|151403487|gb|EV273297.1|EV273297
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTAGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|298194936|gb|HO043408.1|HO043408
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTG
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTG
EST: gi|17023729|gb|BM094763.1|BM094763
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|15203071|gb|BI425839.1|BI425839
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGG
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGG
EST: gi|254324094|gb|GR840519.1|GR840519
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|209726130|gb|BW675305.1|BW675305
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGG
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGG
EST: gi|18039755|gb|BM308049.1|BM308049
EST:     AGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: AGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|254326145|gb|GR840737.1|GR840737
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|120495839|gb|EH224006.1|EH224006
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|192316836|gb|FK006077.1|FK006077
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|193385011|gb|FK351493.1|FK351493
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|120531368|gb|EH259501.1|EH259501
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|4313775|gb|AI460894.1|AI460894
EST:     GGATTATACGATTCAAANAGGTTGTCTCTTGCCGTTTTTGGGAGGAACTG                         GTTCTTGCCTTGGTGG-TGACCAATTGGATTATGGG
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGG
EST: gi|21995195|gb|BQ786723.1|BQ786723
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|298180864|gb|HO022303.1|HO022303
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTG
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTG
EST: gi|8284610|gb|BE022169.1|BE022169
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|120531526|gb|EH259659.1|EH259659
EST:     TTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACAAATGTGGT
genomic: TTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|120496028|gb|EH224195.1|EH224195
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|192316837|gb|FK006078.1|FK006078
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|16996513|gb|BM085885.1|BM085885
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGNGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|298181032|gb|HO022471.1|HO022471
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGCTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|254324772|gb|GR834197.1|GR834197
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|298164570|gb|HO014215.1|HO014215
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCA
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCA
EST: gi|213588418|gb|DB959738.1|DB959738
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|11687361|gb|BF595037.1|BF595037
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|14991130|gb|BI316803.1|BI316803
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATTAA-ATATGTGG
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGAT-AACATATGTGG
EST: gi|254324773|gb|GR834198.1|GR834198
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCG-TTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGG
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTC-TTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGG
EST: gi|192323024|gb|FK016755.1|FK016755
EST:     ATTATACGATTCAAAAAGGTTTGTCTCTGGCCGTTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: ATTATACGATTCAAAAAGG-TTGTCTCTGGCCG-TTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|254324093|gb|GR840518.1|GR840518
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|19453543|gb|BM954953.1|BM954953
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGAT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGAT
EST: gi|298196163|gb|HO044554.1|HO044554
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGA
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGA
EST: gi|8285169|gb|BE022728.1|BE022728
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGGTTTTGGGAGGACCTG                         TTTCTTGGCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|6341462|gb|AW164286.1|AW164286
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|120496098|gb|EH224265.1|EH224265
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|192322879|gb|FK014810.1|FK014810
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|298196429|gb|HO041172.1|HO041172
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATT
EST: gi|6482757|gb|AW201979.1|AW201979
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|298163689|gb|HO012422.1|HO012422
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|10848096|gb|BF070649.1|BF070649
EST:     GATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGAACCTG                         -TTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGG
genomic: GATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGA-CCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGG
EST: gi|19452727|gb|BM954137.1|BM954137
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|151410799|gb|EV280614.1|EV280614
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GCTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCTGGCCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaatgcaaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatatttctgtcttctattgttggagacttgaatgtttcataatactaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGTGCAGTACTAAGCATTCGTTTCAACGAGGATATATTGAGTGTCTGGAATC
                               aatgtttcataata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttgtttggttattttgatttcatgacctgtaccatcaattgctattatatttctgtcttctattgttggagacttgaatgtttcataatactaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGTGCAGTACTAAGCATTCGTTTCAACGAGGATATATTGAGTGTCTGGAATC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT