1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtgtgtcatttgtatcttgtcaaacctttagattctttttttttttcttgccttcttcctaatttgtggttattctaaaaaaatgcagGGCCAGATAACTTAGAAAACCTGAAGAAGCTAGCTGAACAATTTCAGAAGCAGGTTCCTGAAGCAGGAGATGGTGCAACCGCAGCACAAGAGGATGATGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G18780.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGTTGCAGGATATTCTCCCCAACATCATCCACCAATTAG GGCCAGATAACTTAGAAAACCTGAAGAAGCTAGCTGAACAATTTCAGAAGC
genomic: AGTTGCAGGATATTCTCCCCAACATCATCCACCAATTAGgtgtgtcatt ... aaaaatgcagGGCCAGATAACTTAGAAAACCTGAAGAAGCTAGCTGAACAATTTCAGAAGC
tctttttttttttcttgccttcttcctaatttgtggttattctaaaaaaatgcagGGCCAGATAACTTAGAAAACCTGAAGAAGCTAGCTGAACAATTTCAGAAGCAGGTTCCTGAAGCAGGAGATGGTGCAACCGCAGCACAAGAGGATGATGA
ttctaaa putative branch site (score: 2)
ttattctaaaaaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgtgtcatttgtatcttgtcaaacctttagattctttttttttttcttgccttcttcctaatttgtggttattctaaaaaaatgcagGGCCAGATAACTTAGAAAACCTGAAGAAGCTAGCTGAACAATTTCAGAAGCAGGTTCCTGAAGCAGGAGATGGTGCAACCGCAGCACAAGAGGATGATGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG