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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaatgttttgctgttttatggtgtgtccatggaaacttgtttcacatcgcagcttatgtttttgcactcctctttgtcttctatgtccatttttttactacttttatctcggaacattagGGTGCTAGACGAATAGTTTCTGAGTGGCCAGACCTGGATTTTGAGGCAAGAAGATTCACAGCACGAATCTTGGGTGATGATCAAGAATCAGAATCAATAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G13400.1
intron # 39
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7042357|gb|AW472251.1|AW472251
EST:     AAACCATTGATCTGTGCAACAATCCCATGACAAAAGAACCCAAACTGCAG                         GGTGCTAGACGAATAGTTTCTGAGTGGCCAGACCTGGATTTTGAGGCAAGA
genomic: AAACCATTGATCTGTGCAACAATCCCATGACAAAAGAACCCAAACTGCAGgtaaatgttt ... ggaacattagGGTGCTAGACGAATAGTTTCTGAGTGGCCAGACCTGGATTTTGAGGCAAGA
EST: gi|17401326|gb|BM178108.1|BM178108
EST:     AAACCATTGATCTGTGCAACAATCCCATGACAAAAGAACCCAAACTGCAG                         GGTGCTAGACGAATAGTTTCTGAGTGGCCAGACCTGGATTTTGAGGCAAGA
genomic: AAACCATTGATCTGTGCAACAATCCCATGACAAAAGAACCCAAACTGCAGgtaaatgttt ... ggaacattagGGTGCTAGACGAATAGTTTCTGAGTGGCCAGACCTGGATTTTGAGGCAAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actcctctttgtcttctatgtccatttttttactacttttatctcggaacattagGGTGCTAGACGAATAGTTTCTGAGTGGCCAGACCTGGATTTTGAGGCAAGAAGATTCACAGCACGAATCTTGGGTGATGATCAAGAATCAGAATCAATAC
                       atttttttactacttt  TA-rich tract