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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...attattagtgattcttggtcctgttacaggggggaagtctatatactgtaaccagagaacttatctttaagaaatattttcaacgttctgaatgatgcagGTCTTAGGTGCTGCAATAAATGTATACGCCAATAAGCATAAAGAGCGCCCAGACCGTCTGATAGACATGTTAACTAGCAGCCACAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G07850.1
intron # 35
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G07850.2 (Glycine max), 3'ss of exon 35
lower sequence: Vv04s0008g04520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 36
attattagtgattcttggtcctgttacaggggggaagtctatatactgtaaccagagaacttatctttaagaaatattt-----tcaacgttctgaatgatgcagGTCTTAGGTGCTGCAATAAATGTATACGCCAATAAGCATAAAGAGCGCCCAGACCGTCTGATAGACATGTTAACTAGCAGCCACAG
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--tgcttccctttttgcaagttcttaaaaacgaatagtactta-ataattgtgagcatattt-tattaaataaatcttaaggtgtttatgttg-gaatggtgtagGTCCTAGGGGCTGCAATAAATGTATATGCCAACAGACACAAAGAACGCCCTGATCGGCTCATAGACATGCTGACAAGTAGCCACAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51341990|gb|CO983307.1|CO983307
EST:     AATNCTTTAGAAACATCAAGGGCACAATAGATGACGATGACTGGGATCAG                         GTNNTAGGTGCTGCAATAAATGTATACGCCAATAAGCATAAAGAGCGCCCA
genomic: AATTCTTTAGAAACATCAAGGGCACAATAGATGACGATGACTGGGATCAGgtaatctaat ... aatgatgcagGTCTTAGGTGCTGCAATAAATGTATACGCCAATAAGCATAAAGAGCGCCCA
EST: gi|15814728|gb|BI787003.1|BI787003
EST:     GCACAATAGATGACGATGACTGGGATCAG                         GTCTTAGGTGCTGCAATAAATGTATACGCCAATAAGCATAAAGAGCGCCCA
genomic: GCACAATAGATGACGATGACTGGGATCAGgtaatctaat ... aatgatgcagGTCTTAGGTGCTGCAATAAATGTATACGCCAATAAGCATAAAGAGCGCCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgtaaccagagaacttatctttaagaaatattttcaacgttctgaatgatgcagGTCTTAGGTGCTGCAATAAATGTATACGCCAATAAGCATAAAGAGCGCCCAGACCGTCTGATAGACATGTTAACTAGCAGCCACAG
 ctgtaac  putative branch site (score: 3)
            aacttatctttaagaa  TA-rich tract