Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatgtcacatgctactaggtttaaaatttttggtaatgcatgctactgtgactatttatattagtttttaaaatatcttctcttttctttacagTATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGTCTACATGAAGTTACTGAATTTAGCTGTTGATGGGAAAGTCACAGAACAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G22090.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193526915|gb|FK487199.1|FK487199
EST:     CAAAAATAACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGAT                         TATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
genomic: CAAAAAT-ACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGATgtaatgtcac ... ttctttacagTATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
EST: gi|151404862|gb|EV274676.1|EV274676
EST:     ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGAT                         TATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
genomic: ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGATgtaatgtcac ... ttctttacagTATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
EST: gi|208086939|gb|GD883319.1|GD883319
EST:     ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGAT                         TATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
genomic: ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGATgtaatgtcac ... ttctttacagTATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
EST: gi|15000159|gb|BI320973.1|BI320973
EST:     ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGAT                         TATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
genomic: ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGATgtaatgtcac ... ttctttacagTATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
EST: gi|15000274|gb|BI321088.1|BI321088
EST:     ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGAT                         TATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
genomic: ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGATgtaatgtcac ... ttctttacagTATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
EST: gi|19271164|gb|BM887420.1|BM887420
EST:     ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGAT                         TATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
genomic: ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGATgtaatgtcac ... ttctttacagTATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
EST: gi|298176542|gb|HO023129.1|HO023129
EST:     ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGAT                         TATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
genomic: ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGATgtaatgtcac ... ttctttacagTATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
EST: gi|9819641|gb|BE555154.1|BE555154
EST:     ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGAT                         TATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
genomic: ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGATgtaatgtcac ... ttctttacagTATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
EST: gi|8283494|gb|BE021053.1|BE021053
EST:     ACAAAAATACTCCAGCAGCCCAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGAT                         TATGATCAGCCTGT
genomic: ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGATgtaatgtcac ... ttctttacagTATGATCAGCCTGT
EST: gi|193525897|gb|FK478896.1|FK478896
EST:     AAAAAATAACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGAT                         TATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
genomic: -AAAAAT-ACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGATgtaatgtcac ... ttctttacagTATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
EST: gi|19452639|gb|BM954049.1|BM954049
EST:     ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGAT                         TATGATCAGCCTGTACAACCTT
genomic: ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGATgtaatgtcac ... ttctttacagTATGATCAGCCTGTACAACCTT
EST: gi|209729516|gb|BW651856.1|BW651856
EST:     ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGAT                         TATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
genomic: ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGATgtaatgtcac ... ttctttacagTATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
EST: gi|7684961|gb|AW755609.1|AW755609
EST:     ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGAT                         TATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
genomic: ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGATgtaatgtcac ... ttctttacagTATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
EST: gi|192326394|gb|FK015911.1|FK015911
EST:     ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGAT                         TATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
genomic: ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGATgtaatgtcac ... ttctttacagTATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
EST: gi|298176621|gb|HO023208.1|HO023208
EST:     ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGAT                         TATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
genomic: ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGATgtaatgtcac ... ttctttacagTATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
EST: gi|208087969|gb|GD891097.1|GD891097
EST:     ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGAT                         TATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
genomic: ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGATgtaatgtcac ... ttctttacagTATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
EST: gi|298175563|gb|HO018274.1|HO018274
EST:     ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGAT                         TATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
genomic: ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGATgtaatgtcac ... ttctttacagTATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
EST: gi|208183785|gb|GD983267.1|GD983267
EST:     CCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGAT                         TATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
genomic: CCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGATgtaatgtcac ... ttctttacagTATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
EST: gi|15202225|gb|BI425289.1|BI425289
EST:     ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGAT                         TATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT
genomic: ACAAAAATACTCCAGCAGCCAAATGAAAAGCCTGCTGTGCGATTGAAGATgtaatgtcac ... ttctttacagTATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgctactgtgactatttatattagtttttaaaatatcttctcttttctttacagTATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGTCTACATGAAGTTACTGAATTTAGCTGTTGATGGGAAAGTCACAGAACAC
                                  tatcttctcttttctt  CT-rich tract
             tatttatattagtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaatgtcacatgctactaggtttaaaatttttggtaatgcatgctactgtgactatttatattagtttttaaaatatcttctcttttctttacagTATGATCAGCCTGTACAACCTTTTGGAGACTCCATACTGCCAGTTTTATGTCTACATGAAGTTACTGAATTTAGCTGTTGATGGGAAAGTCACAGAACAC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT