1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaaattatagttttttaaactggaatgtcttgtatatttgttcagaaattttaattgtaagaacattgtacctgcagCTCTGATGTATGTGCTGGTTCCTATGCCTTGCTTATTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G38220.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAG CTCTGATGTATGTGCTGGTTCCTATGCCTTGCTTATTCTTTGGAGGTGGATEST: gi|298163396|gb|HO012129.1|HO012129
genomic: GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAGgtaaattata ... gtacctgcagCTCTGATGTATGTGCTGGTTCCTATGCCTTGCTTATTCTTTGGAGGTGGAT
EST: GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGATATCAG CTCTGATGTATGTGCTTGTTCCTATGCCTTGCTTATTCTTTGGAGGTGGATEST: gi|5509618|gb|AI856176.1|AI856176
genomic: GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAGgtaaattata ... gtacctgcagCTCTGATGTATGTGCTGGTTCCTATGCCTTGCTTATTCTTTGGAGGTGGAT
EST: GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAG CTCTGATGTATGTGCTGGTTCCTATGCCTTGCTTATTCTTTGGAGGTGGATEST: gi|192302967|gb|FG996983.1|FG996983
genomic: GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAGgtaaattata ... gtacctgcagCTCTGATGTATGTGCTGGTTCCTATGCCTTGCTTATTCTTTGGAGGTGGAT
EST: GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAG CTCTGATGTATGTGCTGGTTCCTATGCCTTGCTTATTCTTTGGAGGTGGATEST: gi|298173126|gb|HO020110.1|HO020110
genomic: GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAGgtaaattata ... gtacctgcagCTCTGATGTATGTGCTGGTTCCTATGCCTTGCTTATTCTTTGGAGGTGGAT
EST: GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAG CTCTGATGTATGTGCTTGTTCCTATGCCTTGCTTATTCTTTGGAGGTGGATEST: gi|151410169|gb|EV279977.1|EV279977
genomic: GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAGgtaaattata ... gtacctgcagCTCTGATGTATGTGCTGGTTCCTATGCCTTGCTTATTCTTTGGAGGTGGAT
EST: GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAG CTCTGATGTATGTGCTGGTTCCTATGCCTTGCTTATTCTTTGGAGGTGGATEST: gi|192331598|gb|FK023445.1|FK023445
genomic: GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAGgtaaattata ... gtacctgcagCTCTGATGTATGTGCTGGTTCCTATGCCTTGCTTATTCTTTGGAGGTGGAT
EST: GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAG CTCTGATGTATGTGCTGGTTCCTATGCCTTGCTTATTCTTTGGAGGTGGATEST: gi|298182158|gb|HO026333.1|HO026333
genomic: GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAGgtaaattata ... gtacctgcagCTCTGATGTATGTGCTGGTTCCTATGCCTTGCTTATTCTTTGGAGGTGGAT
EST: GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAG CTCTGATGTATGTGCTTGTTCCTATGCCTTGCTTATTCTTTGGAGGTGGATEST: gi|192298572|gb|FG989233.1|FG989233
genomic: GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAGgtaaattata ... gtacctgcagCTCTGATGTATGTGCTGGTTCCTATGCCTTGCTTATTCTTTGGAGGTGGAT
EST: GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAG CTCTGATGTATGTGCTGGTTCCTATGCCTTGCTTATTCTTTGGAGGTGGAT
genomic: GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAGgtaaattata ... gtacctgcagCTCTGATGTATGTGCTGGTTCCTATGCCTTGCTTATTCTTTGGAGGTGGAT
gaatgtcttgtatatttgttcagaaattttaattgtaagaacattgtacctgcagCTCTGATGTATGTGCTGGTTCCTATGCCTTGCTTATTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGG
ttttaat putative branch site (score: 3)
tatatttgttcagaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaattatagttttttaaactggaatgtcttgtatatttgttcagaaattttaattgtaagaacattgtacctgcagCTCTGATGTATGTGCTGGTTCCTATGCCTTGCTTATTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG