1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...agtatttaaaccttaaattttttttatttaatgggggtatgttaaattaaattaaatacttaataatgtaatgttgtacaaatattaaattgtttttcagGGGCCAGAGACATCACGCTCCATTCCTAACTTGAACAAGAATTCGATCCGTGTGTTGTGCAATGCTAACACCTCGGAGGGATTCAAGCCTTCAAAGGATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G37340.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGAACCGAAGCCTTGGAGCTGATCACTTTTATCTTGCTTGCCATGATTGG GGGCCAGAGACATCACGCTCCATTCCTAACTTGAACAAGAATEST: gi|254313865|gb|GR831494.1|GR831494
genomic: GGAACCGAAGCCTTGGAGCTGATCACTTTTATCTTGCTTGCCATGATTGGgtaattacat ... tgtttttcagGGGCCAGAGACATCACGCTCCATTCCTAACTTGAACAAGAAT
EST: GAAACCGAAGCCTTGGAGCTGATCACTTTTATCTTGCTTGCCATGATTGG GGGCCAGAGACATCACGCTCCATTCCTAACTTGAACA-GAATTCGATCCGTEST: gi|51335647|gb|CO979513.1|CO979513
genomic: GAA-CCGAAGCCTTGGAGCTGATCACTTTTATCTTGCTTGCCATGATTGGgtaattacat ... tgtttttcagGGGCCAGAGACATCACGCTCCATTCCTAACTTGAACAAGAATTCGATCCGT
EST: GCTGATCACTTTTATCTTGCTTGCCATGATTGG GGGCCAGAGACATCACGCTCCATTCCTAACTTGAACAAGAATTCGATCCGT
genomic: GCTGATCACTTTTATCTTGCTTGCCATGATTGGgtaattacat ... tgtttttcagGGGCCAGAGACATCACGCTCCATTCCTAACTTGAACAAGAATTCGATCCGT
attaaattaaatacttaataatgtaatgttgtacaaatattaaattgtttttcagGGGCCAGAGACATCACGCTCCATTCCTAACTTGAACAAGAATTCGATCCGTGTGTTGTGCAATGCTAACACCTCGGAGGGATTCAAGCCTTCAAAGGATG
acttaat putative branch site (score: 4)
ttgtttttc putative PPT
attaaatacttaataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agtatttaaaccttaaattttttttatttaatgggggtatgttaaattaaattaaatacttaataatgtaatgttgtacaaatattaaattgtttttcagGGGCCAGAGACATCACGCTCCATTCCTAACTTGAACAAGAATTCGATCCGTGTGTTGTGCAATGCTAACACCTCGGAGGGATTCAAGCCTTCAAAGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - gggggta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaattaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgta