Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aatagtttatctcgtggtctaagcttgtttttgtttttaaattttattttttggtctgacatctaacttatacttcctatgtgatgattgtgggtcgcagATGTTAGGCATGTGCCTTTTGTGGAAAACGTGGTGGCAATATATAGAAGCTTGGATGCCACTTTTTGTGCTAGTTTGTTTCAGCCATGTTCTTCTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G35010.3
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5058291|gb|AI736767.1|AI736767
EST:     ACGGCTGGGCCTGGATGTGCTGTTTGTAAGGGAAACGTATGCTCAAACAG                         ATGTTAGGCATGTGCCTTTTGTGGAAAACGTGGTGGCAATATATAGAAGCT
genomic: ACGGCTGGGCCTGGATGTGCTGTTTGTAAGGCAA-CGTATGCTCAAACAGgtaacttaat ... tgggtcgcagATGTTAGGCATGTGCCTTTTGTGGAAAACGTGGTGGCAATATATAGAAGCT
EST: gi|193369053|gb|FK338471.1|FK338471
EST:     AACGGCTGGGCCTGGATGTGCTGTTTGTAAGGCAACGTATGCTCAAACAG                         ATGTTAGGCATGTGCCTTTTGTGG
genomic: AACGGCTGGGCCTGGATGTGCTGTTTGTAAGGCAACGTATGCTCAAACAGgtaacttaat ... tgggtcgcagATGTTAGGCATGTGCCTTTTGTGG
EST: gi|213617091|gb|DB961571.1|DB961571
EST:     AACGGCTGGGCCTGGATGTGCTGTTTGTAAGGCAACGTATGCTCAAACAG                         ATGTTAGGCATGTGCCTTTTGTGGAAAACGTGGTGGCAATATATAGAAGCT
genomic: AACGGCTGGGCCTGGATGTGCTGTTTGTAAGGCAACGTATGCTCAAACAGgtaacttaat ... tgggtcgcagATGTTAGGCATGTGCCTTTTGTGGAAAACGTGGTGGCAATATATAGAAGCT
EST: gi|209704697|gb|BW656675.1|BW656675
EST:     AACGGCTGGGCCTGGATGTGCTGTTTGTAAGGCAACGTATGCTCAAACAG                         ATGTTAGGCATGTGCCTTTTGTGGAAAACGTGGTGGCAATATATAGAAGCT
genomic: AACGGCTGGGCCTGGATGTGCTGTTTGTAAGGCAACGTATGCTCAAACAGgtaacttaat ... tgggtcgcagATGTTAGGCATGTGCCTTTTGTGGAAAACGTGGTGGCAATATATAGAAGCT
EST: gi|192295523|gb|FG988097.1|FG988097
EST:     AACGGCTGGGCCTGGATGTGCTGTTTGTAAGGCAACGTATGCTCAAACAG                         ATGTTAGGCATGTTCCTTTTGTGGAAAACGTGGTGGCAATATATAGAAGCT
genomic: AACGGCTGGGCCTGGATGTGCTGTTTGTAAGGCAACGTATGCTCAAACAGgtaacttaat ... tgggtcgcagATGTTAGGCATGTGCCTTTTGTGGAAAACGTGGTGGCAATATATAGAAGCT
EST: gi|254319887|gb|GR830911.1|GR830911
EST:     AACGGCTGGGCCTGGATGTGCTGTTTGTAAGGCAACGTATGCTCAAACAG                         ATGTTAGGCATGTGCCTTTTGTGGAAAACGTGGTGGCAATATATAGGGAGC
genomic: AACGGCTGGGCCTGGATGTGCTGTTTGTAAGGCAACGTATGCTCAAACAGgtaacttaat ... tgggtcgcagATGTTAGGCATGTGCCTTTTGTGGAAAACGTGGTGGCAATATATAGA-AGC
EST: gi|208211739|gb|GE009958.1|GE009958
EST:     AACGGCTGGGCCTGGATGTGCTGTTTGTAAGGCAACGTATGCTCAAACAG                         ATGTTAGGCATGTGCCTTTTGTGGAAAACGTGGTGGCAATATATAGAAGCT
genomic: AACGGCTGGGCCTGGATGTGCTGTTTGTAAGGCAACGTATGCTCAAACAGgtaacttaat ... tgggtcgcagATGTTAGGCATGTGCCTTTTGTGGAAAACGTGGTGGCAATATATAGAAGCT
EST: gi|7685076|gb|AW755724.1|AW755724
EST:     AACGGCTGGGCCTGGATGTGCTGTTTGTAAGGCAACGTATGCTCAAACAG                         ATGTTAGGCATGTGCCTTTTGTGGAAAACGTGGTGGCAATATATAGAAGCT
genomic: AACGGCTGGGCCTGGATGTGCTGTTTGTAAGGCAACGTATGCTCAAACAGgtaacttaat ... tgggtcgcagATGTTAGGCATGTGCCTTTTGTGGAAAACGTGGTGGCAATATATAGAAGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attttttggtctgacatctaacttatacttcctatgtgatgattgtgggtcgcagATGTTAGGCATGTGCCTTTTGTGGAAAACGTGGTGGCAATATATAGAAGCTTGGATGCCACTTTTTGTGCTAGTTTGTTTCAGCCATGTTCTTCTG
               atctaac  putative branch site (score: 2)
                  taacttata  TA-rich tract