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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cagtttgttatgtgtttgtatcatgaatgttatctagtaaccatttaatggcttggtattgagatgagttgatgtggtttttctatggtgtttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACGAAGGTTATGCCCTCCCACATGCAATCCTGCGTTTGGACCTTGCAGGGCG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G32990.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G32990.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv08s0007g06520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
cagtttgttatgtgtttgtatcatgaatgttatctag-taaccatttaatggcttggtattgagatgagttgatgtggtttttctatggtgtttgt-tgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACGAAGGTTATGCCCTCCCACATGCAATCCTGCGTTTGGACCTTGCAGGGCG
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aaggagaata-atgtctatatagtaattgatcttaaaatgttcagcttaatttttattctcactgcatattcacattatgtgtttatt-tgttgatattcagGTATCGTTCTGGACTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTCCCCATTTATGAAGGGTATGCCCTCCCACATGCCATCCTGCGTCTTGACTTGGCAGGACG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15203773|gb|BI426541.1|BI426541
EST:     TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
genomic: TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
EST: gi|8826448|gb|BE210178.1|BE210178
EST:     TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
genomic: TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
EST: gi|193332213|gb|FK300295.1|FK300295
EST:     TGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
genomic: TGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
EST: gi|151402142|gb|EV271955.1|EV271955
EST:     GTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTAC
genomic: GTCGCTATCCAGGCCGTGC-TTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTA-TTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTAC
EST: gi|151396191|gb|EV266068.1|EV266068
EST:     TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
genomic: TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
EST: gi|192328623|gb|FK020813.1|FK020813
EST:     CAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
genomic: CAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
EST: gi|6134689|gb|AW133082.1|AW133082
EST:     TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
genomic: TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
EST: gi|14126082|gb|BG790520.1|BG790520
EST:     TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
genomic: TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
EST: gi|41146304|gb|CK606515.1|CK606515
EST:     TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
genomic: TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
EST: gi|192329006|gb|FK019705.1|FK019705
EST:     TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
genomic: TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
EST: gi|6566766|gb|AW234398.1|AW234398
EST:     TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
genomic: TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
EST: gi|192330415|gb|FK021188.1|FK021188
EST:     CAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
genomic: CAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taatggcttggtattgagatgagttgatgtggtttttctatggtgtttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACGAAGGTTATGCCCTCCCACATGCAATCCTGCGTTTGGACCTTGCAGGGCG
                                tttttctat  TA-rich tract