1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...gcctctgtctgtgtgtgtgttacatgtttaatgaatctgttgctatattttttatgttctaattgcttcttcactgaatttctgtatcatatatggatagGTGTTGCACCCTATTGCTGATTCAATTAATATAAATGAAAAAGTATGGAGTTTATACTTCAGAGTTCTTATTCCACAAATAGTCAAGCAAGGAGATGATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G03290.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tattttttatgttctaattgcttcttcactgaatttctgtatcatatatggatagGTGTTGCACCCTATTGCTGATTCAATTAATATAAATGAAAAAGTATGGAGTTTATACTTCAGAGTTCTTATTCCACAAATAGTCAAGCAAGGAGATGATG
ttctaat putative branch site (score: 2)
tttatgttctaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcctctgtctgtgtgtgtgttacatgtttaatgaatctgttgctatattttttatgttctaattgcttcttcactgaatttctgtatcatatatggatagGTGTTGCACCCTATTGCTGATTCAATTAATATAAATGAAAAAGTATGGAGTTTATACTTCAGAGTTCTTATTCCACAAATAGTCAAGCAAGGAGATGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
gcctctg
- - - - - gtgtgtg
- - - - - - - - - - tacatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttctgta