Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtttatctgattttatggttatgagcttgttaagggccttccattatattgcttcttatatccagtaatggaagttgctgttttacaatgcatatggcagttggttgattacatggtttttatttttcagGAACGTGCGGCTGGTGCATTGGCTAATTTGGCAGCTGATGACAAGTGTAGTACAGAGGTTGCAACGGCAGGAGGTGTACATGCTCTAGTGATGCTTGCTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G48840.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G48840.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv15s0021g01810.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
------gtaagtttatctgattttatggt-tatgagcttgttaagggccttccattat-attgcttcttatatcca-gtaatggaagttgctgttttacaatgcatatggcagttggttgattacatggtttttatttttcagGAACGTGCGGCTGGTGCATTGGCTAATTTGGCAGCTGATGACAAGTGTAGTACAGAGGTTGCAACGGCAGGAGGTGTACATGCTCTAGTGATGCTTGCTC
      ||    ||||      ||||  | | |   ||| | |||     |  || || |||  || ||   | || | |     |||| ||||||    ||  ||||    || ||||| || | || ||     ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||| |  |||||||||   ||||| |||||||||||| | || ||||||||||
gtatgggttctattattctgcattattttctgtctacttatgaagccttatgaatcatcatttttttttgcttgcatgaagctagagtttctgtttggtgata-atataattgt-ggttggtt-cttgtttgcatgttttcagGAACGTGCAGCTGGTGCACTGGCAAATTTGGCGGCTGATGACAAATGTAGCATGGAGGTTGCACTAGCAGGTGGTGTACATGCTTTGGTTATGCTTGCTC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgctgttttacaatgcatatggcagttggttgattacatggtttttatttttcagGAACGTGCGGCTGGTGCATTGGCTAATTTGGCAGCTGATGACAAGTGTAGTACAGAGGTTGCAACGGCAGGAGGTGTACATGCTCTAGTGATGCTTGCTC
                           ggttgat  putative branch site (score: 5)
                                         tttttatttttc  putative PPT
                                     atggtttttattttt  TA-rich tract