1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...aattccaattctccttgtaatcttatttcttagtttcactaatctgtgatgtgtgcctacttacagctgtaacttaaatgttaatatcttttcttggcagGATGAGGGGAAAGCACCTTATTTATATGTGGAAGTGGATTTTAAGGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G48700.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGATATTATCACTTGGAGCAGGTTTTGACACAACATATTTTCAGTTGCAG GATGAGGGGAAAGCACCTTATTTATATGTGGAAGTGGATTTTAAGGAG
genomic: AGATATTATCACTTGGAGCAGGTTTTGACACAACATATTTTCAGTTGCAGgtgcttgggt ... ttcttggcagGATGAGGGGAAAGCACCTTATTTATATGTGGAAGTGGATTTTAAGGAG
gtgatgtgtgcctacttacagctgtaacttaaatgttaatatcttttcttggcagGATGAGGGGAAAGCACCTTATTTATATGTGGAAGTGGATTTTAAGGAG
tatcttttctt CT-rich tract
taacttaaatgttaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aattccaattctccttgtaatcttatttcttagtttcactaatctgtgatgtgtgcctacttacagctgtaacttaaatgttaatatcttttcttggcagGATGAGGGGAAAGCACCTTATTTATATGTGGAAGTGGATTTTAAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - ctccttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atctgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgtgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cagctgt