Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aagaaatctacttgactccttgcttttgacatcattgttggtttaatttttgctgttaccatcctttctgacacttcttctgactttctacatgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTAGATAACAATAAATCAAATGATAATAACTGGAATGGCGAAATGACTTTAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G48070.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9901191|gb|BE610159.1|BE610159
EST:     ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAG                         AATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
genomic: ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAGgtaagttggt ... catgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
EST: gi|151394924|gb|EV264795.1|EV264795
EST:     ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAG                         AATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
genomic: ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAGgtaagttggt ... catgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
EST: gi|151394860|gb|EV264731.1|EV264731
EST:     ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAG                         AATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
genomic: ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAGgtaagttggt ... catgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
EST: gi|151399513|gb|EV269384.1|EV269384
EST:     ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAG                         AATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
genomic: ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAGgtaagttggt ... catgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
EST: gi|192324207|gb|FK017938.1|FK017938
EST:     ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAG                         AATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
genomic: ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAGgtaagttggt ... catgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
EST: gi|192330671|gb|FK021976.1|FK021976
EST:     ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAG                         AATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
genomic: ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAGgtaagttggt ... catgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
EST: gi|192328659|gb|FK023159.1|FK023159
EST:     ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAG                         AATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
genomic: ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAGgtaagttggt ... catgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
EST: gi|18041322|gb|BM309616.1|BM309616
EST:     ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAG                         AATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
genomic: ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAGgtaagttggt ... catgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
EST: gi|254337009|gb|GR843188.1|GR843188
EST:     ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAG                         AATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
genomic: ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAGgtaagttggt ... catgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
EST: gi|23727026|gb|BU761526.1|BU761526
EST:     ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAG                         AATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
genomic: ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAGgtaagttggt ... catgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
EST: gi|151411441|gb|EV281252.1|EV281252
EST:     ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAG                         AATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACTACAAGATCCTTTCTA
genomic: ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAGgtaagttggt ... catgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
EST: gi|192323750|gb|FK016056.1|FK016056
EST:     ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAG                         AATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
genomic: ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAGgtaagttggt ... catgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
EST: gi|151400648|gb|EV270462.1|EV270462
EST:     ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAG                         AATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
genomic: ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAGgtaagttggt ... catgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
EST: gi|22525062|gb|BU083873.1|BU083873
EST:     ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAG                         AATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
genomic: ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAGgtaagttggt ... catgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
EST: gi|192320251|gb|FK014251.1|FK014251
EST:     ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAG                         AATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
genomic: ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAGgtaagttggt ... catgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
EST: gi|6072788|gb|AW102175.1|AW102175
EST:     ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAG                         AATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
genomic: ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAGgtaagttggt ... catgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
EST: gi|209717487|gb|BW671462.1|BW671462
EST:     ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAG                         AATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
genomic: ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAGgtaagttggt ... catgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
EST: gi|9563837|gb|BE473346.1|BE473346
EST:     ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAG                         AATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
genomic: ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAGgtaagttggt ... catgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
EST: gi|209697524|gb|BW670025.1|BW670025
EST:     ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAG                         AATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
genomic: ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAGgtaagttggt ... catgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
EST: gi|192298698|gb|FG990979.1|FG990979
EST:     ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAG                         AATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
genomic: ATATGATGGAACTGGGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAGgtaagttggt ... catgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
EST: gi|10710454|gb|BF010172.1|BF010172
EST:     GGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAG                         AATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA
genomic: GGCACCCTCAAGGGCAAGAAAACATATTCTTTTAAGgtaagttggt ... catgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttttgctgttaccatcctttctgacacttcttctgactttctacatgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTAGATAACAATAAATCAAATGATAATAACTGGAATGGCGAAATGACTTTAC
                                ttctgac  putative branch site (score: 2)
                                      ctttctac  CT-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aagaaatctacttgactccttgcttttgacatcattgttggtttaatttttgctgttaccatcctttctgacacttcttctgactttctacatgctacagAATGGTACAAGAAGTGCGTTGAACCTTGAGAACACCACAAGATCCTTTCTAGATAACAATAAATCAAATGATAATAACTGGAATGGCGAAATGACTTTAC

- - - -ctacttg
- - - - - - - - -ccttgct
- - - - - - - - - - - - - tgacatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - gttggtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccatcct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttctgac