Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ggtacatgaaacacatttttcaattctcttattattaaaaaatttattaattttgtacttttttacttcgcaaaatgtcataagcacaagcagttaaccttaaccttaatccacaattttccattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G44820.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209711065|gb|BW676421.1|BW676421
EST:     CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATA                         GATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
genomic: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaa ... cattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
EST: gi|193705157|gb|FK644059.1|FK644059
EST:     CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATA                         GATGATTGTTGGGCTGAAT
genomic: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaa ... cattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAAT
EST: gi|192312271|gb|FK005275.1|FK005275
EST:     CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATA                         GATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
genomic: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaa ... cattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
EST: gi|208153437|gb|GD945698.1|GD945698
EST:     CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATA                         GATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
genomic: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaa ... cattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
EST: gi|193384258|gb|FK349746.1|FK349746
EST:     AGCTTGGATACACTTATGTCAATATA                         GATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
genomic: AGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaa ... cattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
EST: gi|151412992|gb|EV282800.1|EV282800
EST:     CCCTTGTTTCGACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATA                         GATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
genomic: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaa ... cattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
EST: gi|298193345|gb|HO033779.1|HO033779
EST:     CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATA                         GATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
genomic: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaa ... cattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
EST: gi|213596908|gb|DB964115.1|DB964115
EST:     CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATA                         GATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
genomic: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaa ... cattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
EST: gi|193530996|gb|FK487097.1|FK487097
EST:     TGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATA                         GATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
genomic: TGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaa ... cattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
EST: gi|6481859|gb|AW201130.1|AW201130
EST:     CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATA                         GATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
genomic: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaa ... cattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtcataagcacaagcagttaaccttaaccttaatccacaattttccattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
                                        ttttccatt  CT-rich tract
                                      aattttccattatt  TA-rich tract