1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...attatgataattactgcaactgctacattgaccttcaagttcttagtttcaattattttcaaatcaacattgcttatgttgttctctctgaacctgtaggATGCTGTGGAGTATGCAGAGTGTGAAGCTGTTGTAAAGGACTTTCCTCCATTTCGTGAAGCAATGAAGAAGAGAGGGATTGAGGATATGGATCTGGTGAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G20800.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGGCAAAGTGGTTTCATCTACTGTTGTTCCAGATGTTCAGCCTCCAATGG ATGCTGTGGAGTATGCAGAGTGTGAAGCTGTTGTAAAGGACTTTCCTCCATEST: gi|208217027|gb|GE010257.1|GE010257
genomic: GGGCAAAGTGGTTTCATCTACTGTTGTTCCAGATGTTCAGCCTCCAATGGtgaatacaaa ... aacctgtaggATGCTGTGGAGTATGCAGAGTGTGAAGCTGTTGTAAAGGACTTTCCTCCAT
EST: GGGCAGAGTGGTTTCATCTACTGTTGTTCCAGATGTTCAGCCCCCAATGG ATGCTGTGGAGTATGCAGAGTGTGAAGCTGTTGTAAAGGACTTTCCTCCATEST: gi|7589252|gb|AW705030.1|AW705030
genomic: GGGCAAAGTGGTTTCATCTACTGTTGTTCCAGATGTTCAGCCTCCAATGGtgaatacaaa ... aacctgtaggATGCTGTGGAGTATGCAGAGTGTGAAGCTGTTGTAAAGGACTTTCCTCCAT
EST: GGGCAAAGTGGTTTCATCTACTGTTGTTCCAGATGTTCAGCCTCCAATGG ATGCTGTGGAGTATGCAGAGTGTGAAGCTGTTGTAAAGGACTTTCCTCCAT
genomic: GGGCAAAGTGGTTTCATCTACTGTTGTTCCAGATGTTCAGCCTCCAATGGtgaatacaaa ... aacctgtaggATGCTGTGGAGTATGCAGAGTGTGAAGCTGTTGTAAAGGACTTTCCTCCAT
gtttcaattattttcaaatcaacattgcttatgttgttctctctgaacctgtaggATGCTGTGGAGTATGCAGAGTGTGAAGCTGTTGTAAAGGACTTTCCTCCATTTCGTGAAGCAATGAAGAAGAGAGGGATTGAGGATATGGATCTGGTGAT
aattattttcaaatca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attatgataattactgcaactgctacattgaccttcaagttcttagtttcaattattttcaaatcaacattgcttatgttgttctctctgaacctgtaggATGCTGTGGAGTATGCAGAGTGTGAAGCTGTTGTAAAGGACTTTCCTCCATTTCGTGAAGCAATGAAGAAGAGAGGGATTGAGGATATGGATCTGGTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - caactgc
- - - - - - - - - - - - - - - accttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atcaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcttatg