1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
ggtgtctatgaaatgatatttctgttagcttctgtgattatgttttgtgctactattagtacttactaatatctcccgagctgcagtgaatcagttttcacttatctcttaatctctggttatttggtttaattacctgttcttttctacaGATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAACAGAGCAGACACCTTGGACCCTGCTCTGTTGCGTCCTGGAAGGCTTGAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G05730.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCA GATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAAEST: gi|193513567|gb|FK469155.1|FK469155
genomic: ACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCAggtgtctatg ... cttttctacaGATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAA
EST: ACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCA GATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAAEST: gi|207810299|gb|GD781983.1|GD781983
genomic: ACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCAggtgtctatg ... cttttctacaGATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAA
EST: ACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCA GATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAAEST: gi|193629133|gb|FK578081.1|FK578081
genomic: ACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCAggtgtctatg ... cttttctacaGATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAA
EST: ACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCA GATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAAEST: gi|58022279|gb|CX709020.1|CX709020
genomic: ACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCAggtgtctatg ... cttttctacaGATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAA
EST: ACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCA GATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAAEST: gi|7146493|gb|AW508415.1|AW508415
genomic: ACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCAggtgtctatg ... cttttctacaGATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAA
EST: ACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCA GATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAAEST: gi|18041397|gb|BM309691.1|BM309691
genomic: ACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCAggtgtctatg ... cttttctacaGATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAA
EST: TATGGAACTTTTGAATCA CATGGATGGTTTTGACCATACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAAEST: gi|192313767|gb|FK007639.1|FK007639
genomic: TATGGAACTTTTGAATCAggtgtctatg ... cttttctacaGATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAA
EST: ACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCA GATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAAEST: gi|192313766|gb|FK007638.1|FK007638
genomic: ACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCAggtgtctatg ... cttttctacaGATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAA
EST: ACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCA GATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAAEST: gi|16342518|gb|BI968113.1|BI968113
genomic: ACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCAggtgtctatg ... cttttctacaGATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAA
EST: ACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCA GATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAAEST: gi|17401263|gb|BM178045.1|BM178045
genomic: ACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCAggtgtctatg ... cttttctacaGATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAA
EST: ACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCA GATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAA
genomic: ACTGGAGCTGATAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTGAATCAggtgtctatg ... cttttctacaGATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAA
ttcacttatctcttaatctctggttatttggtttaattacctgttcttttctacaGATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAACAGAGCAGACACCTTGGACCCTGCTCTGTTGCGTCCTGGAAGGCTTGAT
ttacctgttcttttct CT-rich tract
ttatttggtttaatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggtgtctatgaaatgatatttctgttagcttctgtgattatgttttgtgctactattagtacttactaatatctcccgagctgcagtgaatcagttttcacttatctcttaatctctggttatttggtttaattacctgttcttttctacaGATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAACAGAGCAGACACCTTGGACCCTGCTCTGTTGCGTCCTGGAAGGCTTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG