Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcttattctctttgcctctttatgtctttaacattttcatctgtagttttgtgtacctgatcaatctttatccatattaatcaagcttaaaactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATTGGGAATCCCAACAAAAGCATATTATGCTGTTGAAGAGGTTAAAGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G03360.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G03360.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G061745_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 3
---------tcttattctctttgcctctttatgtctttaacattttcatctgtagttttgtgtacctgatcaatctttatccatattaatcaagcttaaaactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATTGGGAATCCCAACAAAAGCATATTATGCTGTTGAAGAGGTTAAAGA-
         |  |  |  ||| | | ||   ||    |    | ||   |||| |   |      || |    | ||||| |  |||  ||   ||  |||   |||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||||||  |||| |||||  |||| || || || ||||| || || ||||| || ||||||||||| 
taaagttaattatgctagcttcgtcactgggtgctcctgctgtatt-gcctgtggcgct-----tctcacagctgtttattccaattc-tcgctctccaaa---ttgcagTTATGTTCCTAATCCAGTCTTGGTGATTATTGATGTCCAACCCAAGGAGCTGGGTATACCGACCAAAGCGTACTACGCTGTGGAGGAGGTTAAAGAG

upper sequence: GLYMA18G03360.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT3G11270.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
-------------------------------------------------------------------------tcttat-tctctttgcctctttatgtctttaacattttcatctgtagttttg-tgtacctgatcaatct-tta--tccatattaatcaagcttaaaactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATTGGGAATCCCAACAAAAGCATATTATGCTGTTGAAGAGGTTAAAGA
                                                                         |  ||| | |     | | || | |  || |  || |   |||    | ||| |  |||| ||   | | |||  ||  | ||||||    ||     ||||||||||| ||||||||||| || ||||| || ||||||||  ||||||| ||| | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||        
gtaagaccaaaatcagtctaaaatatgagatatgatggtctaatctaatatatggtttggtggtctgtttaagttatatatgtacaaacgttttaaagcattcacaatctatctctcctctcttgctagaccttatttctgtattacttcggttttaatcttagtttctggtgttgcagCTACGTTCCAAATCCAGTGTTGGTCATTATTGATGTCCAACCTAAAGAACTTGGAATCCCCACAAAAGCATACTATGCGGTTGAGGAG--------

upper sequence: GLYMA18G03360.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT5G05780.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
--------------------------------------------------------------------------------tcttattctctttgcctctttatgtctttaacattttcatctgtagttttgtgtacct---gatcaatcttta-tccatattaatcaagcttaaaactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATTGGGAATCCCAACAAAAGCATATTATGCTGTTGAAGAGGTTAAAGA-
                                                                                    |||   |||        || | | |  | ||  ||  |   ||||| |||  ||   | |  ||||  | |  |  || |    ||||     | ||||||||||||||||||||| ||| |||| || ||||||||  | ||||| ||| | |||||||| || |||||||| ||||| || || |||||||| || 
gttagtttccagtttaatcattcagatatcaattgattggcctttatggattgaggatcttctggttcttaaattgtgataaagatttgttttaggctgaaatctgtgtttctttcccactttacgttttttgtggcttcggtttcatctccaattaaggttcactttgcttttggtt-ttgcagCTATGTTCCAAATCCAGTCCTGGTCATTATTGATGTCCAGCCTAAAGAACTTGGAATCCCTACCAAAGCATACTATGCAGTGGAGGAGGTTAAGGAG

upper sequence: GLYMA18G03360.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT5G05780.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
--------------------------------------------------------------------------------tcttattctctttgcctctttatgtctttaacattttcatctgtagttttgtgtacct---gatcaatcttta-tccatattaatcaagcttaaaactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATTGGGAATCCCAACAAAAGCATATTATGCTGTTGAAGAGGTTAAAGA
                                                                                    |||   |||        || | | |  | ||  ||  |   ||||| |||  ||   | |  ||||  | |  |  || |    ||||     | ||||||||||||||||||||| ||| |||| || ||||||||  | ||||| ||| | |||||||| || |||||||| ||||| || || |||        
gttagtttccagtttaatcattcagatatcaattgattggcctttatggattgaggatcttctggttcttaaattgtgataaagatttgttttaggctgaaatctgtgtttctttcccactttacgttttttgtggcttcggtttcatctccaattaaggttcactttgcttttggtt-ttgcagCTATGTTCCAAATCCAGTCCTGGTCATTATTGATGTCCAGCCTAAAGAACTTGGAATCCCTACCAAAGCATACTATGCAGTGGAGGAG--------

upper sequence: GLYMA18G03360.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT3G11270.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
-------------------------------------------------------------------------tcttat-tctctttgcctctttatgtctttaacattttcatctgtagttttg-tgtacctgatcaatct-tta--tccatattaatcaagcttaaaactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATTGGGAATCCCAACAAAAGCATATTATGCTGTTGAAGAGGTTAAAGA-
                                                                         |  ||| | |     | | || | |  || |  || |   |||    | ||| |  |||| ||   | | |||  ||  | ||||||    ||     ||||||||||| ||||||||||| || ||||| || ||||||||  ||||||| ||| | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| 
gtaagaccaaaatcagtctaaaatatgagatatgatggtctaatctaatatatggtttggtggtctgtttaagttatatatgtacaaacgttttaaagcattcacaatctatctctcctctcttgctagaccttatttctgtattacttcggttttaatcttagtttctggtgttgcagCTACGTTCCAAATCCAGTGTTGGTCATTATTGATGTCCAACCTAAAGAACTTGGAATCCCCACAAAAGCATACTATGCGGTTGAGGAGGTGAAAGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208271338|gb|GE068316.1|GE068316
EST:     TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG                         ACTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
genomic: TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATGagtatgtttg ... aactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
EST: gi|207798891|gb|GD770942.1|GD770942
EST:     AGCTGCGTGTAAAATTGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG                         ACTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
genomic: AGCTGCGTG-AAAA-TGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATGagtatgtttg ... aactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
EST: gi|193584905|gb|FK542364.1|FK542364
EST:     TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG                         ACTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
genomic: TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATGagtatgtttg ... aactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
EST: gi|193700676|gb|FK636425.1|FK636425
EST:     TGGTCCAAAGCTGCGCGAAAATGATCTTGACATTCACGGCTTATTTAATG                         ACTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
genomic: TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATGagtatgtttg ... aactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
EST: gi|208190054|gb|GD994020.1|GD994020
EST:     TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG                         ACTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
genomic: TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATGagtatgtttg ... aactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
EST: gi|208179360|gb|GD976583.1|GD976583
EST:     CGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG                         ACTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGNTGTTGAACCTAAGGAAT
genomic: TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATGagtatgtttg ... aactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
EST: gi|193390906|gb|FK353690.1|FK353690
EST:     CGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG                         ACTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
genomic: CGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATGagtatgtttg ... aactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
EST: gi|193649146|gb|FK599783.1|FK599783
EST:     TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG                         ACTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
genomic: TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATGagtatgtttg ... aactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
EST: gi|209700562|gb|BW670403.1|BW670403
EST:     TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG                         ACTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
genomic: TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATGagtatgtttg ... aactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
EST: gi|213595707|gb|DB968545.1|DB968545
EST:     TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG                         ACTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
genomic: TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATGagtatgtttg ... aactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
EST: gi|151407202|gb|EV277017.1|EV277017
EST:     TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG                         ACTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
genomic: TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATGagtatgtttg ... aactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
EST: gi|207758734|gb|GD728780.1|GD728780
EST:     TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG                         ACTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
genomic: TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATGagtatgtttg ... aactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
EST: gi|213587600|gb|DB971323.1|DB971323
EST:     TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG                         ACTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
genomic: TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATGagtatgtttg ... aactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
EST: gi|193359721|gb|FK324141.1|FK324141
EST:     TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG                         ACTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
genomic: TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATGagtatgtttg ... aactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
EST: gi|208231928|gb|GE030883.1|GE030883
EST:     CGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG                         ACTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
genomic: TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATGagtatgtttg ... aactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
EST: gi|207729336|gb|GD709136.1|GD709136
EST:     TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG                         ACTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
genomic: TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATGagtatgtttg ... aactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
EST: gi|207725832|gb|GD701904.1|GD701904
EST:     TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG                         ACTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
genomic: TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATGagtatgtttg ... aactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
EST: gi|208031781|gb|GD829483.1|GD829483
EST:     TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG                         ACTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT
genomic: TGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATGagtatgtttg ... aactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttttgtgtacctgatcaatctttatccatattaatcaagcttaaaactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATTGGGAATCCCAACAAAAGCATATTATGCTGTTGAAGAGGTTAAAGA
                             tattaat  putative branch site (score: 2)
                     tttatccatattaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tcttattctctttgcctctttatgtctttaacattttcatctgtagttttgtgtacctgatcaatctttatccatattaatcaagcttaaaactgttgcaGCTATGTTCCAAATCCTGTCTTGGTTATAATTGATGTTGAACCTAAGGAATTGGGAATCCCAACAAAAGCATATTATGCTGTTGAAGAGGTTAAAGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - -ctttgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -catctgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgtac