1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...aaaggatctagtctaattttttattctataataatggaaccataatgttctttattttgaatgattgtagctgatttttttgtttattctggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAGGGATGGAAGCATCAATGCAACATCTGCTAGTCTTGATTGATGACATCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G03340.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTEST: gi|192333945|gb|FK024758.1|FK024758
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACT
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAEST: gi|254317274|gb|GR826219.1|GR826219
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAA
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAEST: gi|26056153|gb|CA799067.1|CA799067
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAA
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAEST: gi|213594444|gb|DB968000.1|DB968000
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAA
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGEST: gi|192330295|gb|FK019860.1|FK019860
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTG
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTEST: gi|151393659|gb|EV263534.1|EV263534
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCT
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAEST: gi|9264567|gb|BE352714.1|BE352714
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAA
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAEST: gi|192326353|gb|FK015885.1|FK015885
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAA
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAEST: gi|21675436|gb|BQ627787.1|BQ627787
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAA
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAEST: gi|8402060|gb|BE057694.1|BE057694
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAA
EST: GTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAAGAEST: gi|151395671|gb|EV265548.1|EV265548
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTA-GA
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTEST: gi|10709468|gb|BF009192.1|BF009192
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATT
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATCTAGAAEST: gi|192332673|gb|FK025330.1|FK025330
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAA
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGTTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAEST: gi|209728075|gb|BW655308.1|BW655308
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAA
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCCACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAEST: gi|192307669|gb|FK001613.1|FK001613
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAA
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAEST: gi|193729072|gb|FK665124.1|FK665124
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAA
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAEST: gi|254317273|gb|GR826218.1|GR826218
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAA
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAEST: gi|209700662|gb|BW670451.1|BW670451
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAA
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGEST: gi|192295877|gb|FG990901.1|FG990901
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTG
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAEST: gi|151403386|gb|EV273196.1|EV273196
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAA
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAEST: gi|192323135|gb|FK016326.1|FK016326
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAA
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAEST: gi|16996701|gb|BM086073.1|BM086073
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAA
EST: TTCAAGAAAATCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGEST: gi|209718436|gb|BW666248.1|BW666248
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGG
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTCGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGEST: gi|151410317|gb|EV280132.1|EV280132
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTG
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGGTATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAEST: gi|192333944|gb|FK024757.1|FK024757
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAA
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAEST: gi|8827627|gb|BE211357.1|BE211357
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAA
EST: TGCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGGAGCTGAGCGAATTGGA TEST: gi|8827627|gb|BE211357.1|BE211357
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggca-
EST: TGCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGGAGCTGAGCGAATTGGA TEST: gi|26048921|gb|CA785374.1|CA785374
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggca-
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAEST: gi|21889444|gb|BQ742657.1|BQ742657
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAA
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAAEST: gi|9439956|gb|BE440468.1|BE440468
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAA
EST: TACAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATEST: gi|193640636|gb|FK591397.1|FK591397
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAAT
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAEST: gi|192303416|gb|FG995668.1|FG995668
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAA
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAEST: gi|151393162|gb|EV263037.1|EV263037
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTA
EST: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGA TTTGATATGCTGAAAGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAEST: gi|15815430|gb|BI787705.1|BI787705
genomic: TTCAAGAAATTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAA
EST: TCAAGAAAATTC-ATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAACGAATTGGA TTTGATATGCTGAAGGCAAC
genomic: TCAAGAAA-TTCCATTAGATCTTCGTATGGTGGAAGCTGAGCGAATTGGAtgtaagtaat ... ggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAAC
tgttctttattttgaatgattgtagctgatttttttgtttattctggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAGGGATGGAAGCATCAATGCAACATCTGCTAGTCTTGATTGATGACATCT
agctgat putative branch site (score: 4)
tgatttttttgtttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaaggatctagtctaattttttattctataataatggaaccataatgttctttattttgaatgattgtagctgatttttttgtttattctggtaatggcaGTTGATATGCTGAAGGCAACTGCAGTTGACAAAATTCCCTCAGATTTAGAAGGGATGGAAGCATCAATGCAACATCTGCTAGTCTTGATTGATGACATCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtagctg