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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ttcgacctttcaatggacttttttcttcctaaatttcttctttgtttatgcgttcatgtgctgatgtgcttgtatttgatgtggtggttaatggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCGGATATCTTCCCAAAGCCTTCTAAGCTGTGAGCTGAGATTTCTGCAACTA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G36080.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G36080.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv18s0001g10520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
----ttcgacctttcaatggacttt------tttcttcctaaatttcttctttgtttatgcgttcatgtgctgatgtgcttgtatttgatgtggtggttaatggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCGGATATCTTCCCAAAGCCTTCTAAGCTGTGAG--CTGAGATTTCTGCAACTA
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gtgctgccctctttcactgcattctaaatctctccttgtcataacactattttatttg-atttttggtttctgatggaagttcattaatctggacgg-----gggtgcagGGGCGCAATGAAGATAAAGGGCAGTTTGAGTGCAGCACAGAAATTCACTCCTGATATCTTTCCAAAGCCTTCAAAGATGTGAGAGCAGACATGTTGGGAG---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7589387|gb|AW705162.1|AW705162
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|163922977|gb|EH040184.1|EH040184
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|298185911|gb|HO031072.1|HO031072
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|31466571|gb|CD408599.1|CD408599
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|151410321|gb|EV280136.1|EV280136
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|6482924|gb|AW202192.1|AW202192
EST:     GTTAAGGTTGGCTTTAGGGAAGATGAATCCGCAGAATTGCTT-CATGAGG                         GGTG-GATGAAGATTAAGGGAA
genomic: GTTAAGGTTGCCTT-AGGGAAGATGAATCCGCAGA-TTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAA
EST: gi|31476255|gb|CD418283.1|CD418283
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|192312105|gb|FK003868.1|FK003868
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|192298352|gb|FG991772.1|FG991772
EST:     TTGTTAAGGTAGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|17400543|gb|BM177325.1|BM177325
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|298182530|gb|HO031265.1|HO031265
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAGATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|7925588|gb|AW831614.1|AW831614
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|298191660|gb|HO039139.1|HO039139
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|213600426|gb|DB966177.1|DB966177
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|209701152|gb|BW652654.1|BW652654
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|58019938|gb|CX706680.1|CX706680
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|6482685|gb|AW201924.1|AW201924
EST:     TGTTAAGGTTGCCTTTAGG-AAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TGTTAAGGTTGCCTT-AGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|7692378|gb|AW760486.1|AW760486
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAA
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAA
EST: gi|9258893|gb|BE347040.1|BE347040
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTNTGAGTGCTGCTCAGAAATNTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|298171229|gb|HO016261.1|HO016261
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|9898567|gb|BE607535.1|BE607535
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAATATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|298199105|gb|HO042468.1|HO042468
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|151407631|gb|EV277446.1|EV277446
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|16347221|gb|BI972816.1|BI972816
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAA
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAA
EST: gi|7692459|gb|AW760565.1|AW760565
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|192312106|gb|FK003869.1|FK003869
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|9899163|gb|BE608190.1|BE608190
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTATGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAA
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAA
EST: gi|8826960|gb|BE210690.1|BE210690
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTANGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAA
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAA
EST: gi|298170873|gb|HO015849.1|HO015849
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGA
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGA
EST: gi|298199488|gb|HO042851.1|HO042851
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|26046013|gb|CA783381.1|CA783381
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|298191833|gb|HO035915.1|HO035915
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|298193616|gb|HO040264.1|HO040264
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCATTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|58022941|gb|CX709682.1|CX709682
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|7284134|gb|AW596732.1|AW596732
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTANGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAA
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAA
EST: gi|19053456|gb|BM732123.1|BM732123
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|298170473|gb|HO019097.1|HO019097
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|19269387|gb|BM885643.1|BM885643
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|298179269|gb|HO027740.1|HO027740
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|31464157|gb|CD406185.1|CD406185
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|298185484|gb|HO030697.1|HO030697
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAATTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|298190112|gb|HO032233.1|HO032233
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|298166716|gb|HO010155.1|HO010155
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|15813880|gb|BI786155.1|BI786155
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|17022614|gb|BM093648.1|BM093648
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAA
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAA
EST: gi|151410541|gb|EV280356.1|EV280356
EST:     TTGTTGAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|58022726|gb|CX709467.1|CX709467
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|298166080|gb|HO009051.1|HO009051
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|298181796|gb|HO025971.1|HO025971
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCG
EST: gi|298174486|gb|HO014631.1|HO014631
EST:     TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGG                         GGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCT
genomic: TTGTTAAGGTTGCCTTAGGGAAGATGAATCCGCAGATTGCTTTCATGAGGttcgaccttt ... tggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgcgttcatgtgctgatgtgcttgtatttgatgtggtggttaatggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCGGATATCTTCCCAAAGCCTTCTAAGCTGTGAGCTGAGATTTCTGCAACTA
                       ttgtattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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ttcgacctttcaatggacttttttcttcctaaatttcttctttgtttatgcgttcatgtgctgatgtgcttgtatttgatgtggtggttaatggatgtaggGGTGCGATGAAGATTAAGGGAAGTTTGAGTGCTGCTCAGAAATTTACTCCGGATATCTTCCCAAAGCCTTCTAAGCTGTGAGCTGAGATTTCTGCAACTA

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