Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gagtgatttgctattggctacatatagcctatacacaatactgatctttttcagctaaaaatgttaaagtagctgaaactttcttgtttgaaactttcagGCCATGGTGGTGCTCGTGCTGCCGAGTATGTCAAGCAAAACCTATTTAGCAATTTGATCAGTCATCCTAAATTCATTTCTGACACCAAATCTGCAATAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G33690.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G33690.2 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv04s0008g07320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gagtgatttgctattggctacatatag-cctatacacaata--ctgatctttttcagctaaaaat-gttaaagtagctgaaactttcttgtttgaaactttcagGCCATGGTGGTGCTCGTGCTGCCGAGTATGTCAAGCAAAACCTATTTAGCAATTTGATCAGTCATCCTAAATTCATTTCTGACACCAAATCTGCAATAG
     || |||   | || | |||| |   ||      |||    || |||     |  || | | | ||| |     | |   |||| || ||    | ||||| ||||| |||||||| || || || ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| || ||||
---ccatgtgccgctcgc-aaatatgggtttagctttgatagatcgagcttccaatgtcaatattagataatgcttgcgtattcttctggtatggttgtctcagGTCATGGAGGTGCTCGAGCAGCTGAATATGTTAAACAAAACCTTTTTAGTAATTTGATCAGGCATCCAAAGTTCATTTCTGATACAAAATCAGCTATAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|308098639|gb|HO760380.1|HO760380
EST:     AATTGATGGTGTTGATGGTGAAATTGTTGGCCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GCCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGCAAAACCTATTTAGCA
genomic: AATTGATGGTGTTGATGGTGAAATTGTTGGCCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtatatgtac ... aaactttcagGCCATGGTGGTGCTCGTGCTGCCGAGTATGTCAAGCAAAACCTATTTAGCA
EST: gi|298177029|gb|HO023390.1|HO023390
EST:     AATTGATGGTGTTGATGGTGAAATTGTTGGCCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GCCATGGTGGTGCTCGTGCTGCCGAGTATGTCAAGCAAAACCTATTTAGCA
genomic: AATTGATGGTGTTGATGGTGAAATTGTTGGCCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtatatgtac ... aaactttcagGCCATGGTGGTGCTCGTGCTGCCGAGTATGTCAAGCAAAACCTATTTAGCA
EST: gi|27427212|gb|CA938732.1|CA938732
EST:     AATTGATGGTGTTGATGGTGAAATTGTTGGCCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GCCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGCAAAACCTATTTAGCA
genomic: AATTGATGGTGTTGATGGTGAAATTGTTGGCCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtatatgtac ... aaactttcagGCCATGGTGGTGCTCGTGCTGCCGAGTATGTCAAGCAAAACCTATTTAGCA
EST: gi|151406983|gb|EV276798.1|EV276798
EST:     AATTGATGGCGTTGATGGTGAAATTGTTGGCCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GCCATGGTGGTGCTCGTGCTGCCGAGTATGTCAAGCAAAACCTATTTAGCA
genomic: AATTGATGGTGTTGATGGTGAAATTGTTGGCCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtatatgtac ... aaactttcagGCCATGGTGGTGCTCGTGCTGCCGAGTATGTCAAGCAAAACCTATTTAGCA
EST: gi|15662272|gb|BI699643.1|BI699643
EST:     AATTGATGGTGTTGATGGTGAAATTGTTGGCCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GCCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGCAAAACCTATTTAGCA
genomic: AATTGATGGTGTTGATGGTGAAATTGTTGGCCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtatatgtac ... aaactttcagGCCATGGTGGTGCTCGTGCTGCCGAGTATGTCAAGCAAAACCTATTTAGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttttcagctaaaaatgttaaagtagctgaaactttcttgtttgaaactttcagGCCATGGTGGTGCTCGTGCTGCCGAGTATGTCAAGCAAAACCTATTTAGCAATTTGATCAGTCATCCTAAATTCATTTCTGACACCAAATCTGCAATAG
       agctaaa  putative branch site (score: 3)
                                                ctttc  putative PPT
          taaaaatgttaaagta  TA-rich tract