1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...ataggcttttgcttatgcatcatgaaaattacttcacattagcacaaacatgtgttgatgaccttttcttgttacttgaatgctttagttttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCTCATAATGTTATGATAGATCATGAATTACGGAAACTTCGCTTGATAGATT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G17790.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG GCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCTEST: gi|10238106|gb|BE806994.1|BE806994
genomic: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
EST: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG GCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCTEST: gi|22522007|gb|BU080818.1|BU080818
genomic: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
EST: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG GCCTTAGATTACTGTCATTCTCCAGGCATAATGGATAGAGATGTCAAGCCTEST: gi|209714911|gb|BW682076.1|BW682076
genomic: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
EST: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG GCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCTEST: gi|151399006|gb|EV268877.1|EV268877
genomic: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
EST: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTATATATATGAGCTTCTTAAG GCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAAGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCTEST: gi|7692114|gb|AW760229.1|AW760229
genomic: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
EST: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG GCCTTAAATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCTEST: gi|10238225|gb|BE807113.1|BE807113
genomic: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
EST: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG GCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCTEST: gi|8284576|gb|BE022144.1|BE022144
genomic: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
EST: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG GCCTTAGATGACTGTCATTCTGCA-GGCATAATGEST: gi|151412099|gb|EV281911.1|EV281911
genomic: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCT-CAAGGCATAATG
EST: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG GCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCTEST: gi|58018593|gb|CX705335.1|CX705335
genomic: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
EST: TGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG GCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCTEST: gi|16105199|gb|BI892939.1|BI892939
genomic: TGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
EST: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG GCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCTEST: gi|193339637|gb|FK304886.1|FK304886
genomic: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
EST: CCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG GCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
genomic: CCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
aaacatgtgttgatgaccttttcttgttacttgaatgctttagttttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCTCATAATGTTATGATAGATCATGAATTACGGAAACTTCGCTTGATAGATT
tgttgat putative branch site (score: 4)
tttagtttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ataggcttttgcttatgcatcatgaaaattacttcacattagcacaaacatgtgttgatgaccttttcttgttacttgaatgctttagttttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCTCATAATGTTATGATAGATCATGAATTACGGAAACTTCGCTTGATAGATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - gcttttg
- - - - - - -tatgcat
- - - - - - - - - - catgaaa
- - - - - - - - - - - - - - - acttcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cacaaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatgct