1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tgtgaagctaaacaagcactaaaagattagttaatttttacttcgtctctcaatgtagtacaaagtttgattcatgaaatgttctgaactgtgcagcaagATTGCCAAGAATGGAAGCCAATGCGCAGGGCATTTGGGGCAATGTTTGACTATAGCAACCCACCAAACGGTGAGATCTACTTGAGGTTCCAAGTGAGTGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G15710.2 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAG CEST: gi|192312283|gb|FK005287.1|FK005287
genomic: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAGgtatgcgtat ... gtgcagcaag-
EST: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAG CEST: gi|151402276|gb|EV272089.1|EV272089
genomic: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAGgtatgcgtat ... gtgcagcaag-
EST: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAG CEST: gi|151402276|gb|EV272089.1|EV272089
genomic: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAGgtatgcgtat ... gtgcagcaag-
EST: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAG CEST: gi|192313724|gb|FK010284.1|FK010284
genomic: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAGgtatgcgtat ... gtgcagcaag-
EST: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAG CEST: gi|192313724|gb|FK010284.1|FK010284
genomic: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAGgtatgcgtat ... gtgcagcaag-
EST: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAG CEST: gi|192294430|gb|FG987359.1|FG987359
genomic: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAGgtatgcgtat ... gtgcagcaag-
EST: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAG CEST: gi|192294430|gb|FG987359.1|FG987359
genomic: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAGgtatgcgtat ... gtgcagcaag-
EST: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAG CEST: gi|15204192|gb|BI426960.1|BI426960
genomic: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAGgtatgcgtat ... gtgcagcaag-
EST: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAG CEST: gi|15204192|gb|BI426960.1|BI426960
genomic: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAGgtatgcgtat ... gtgcagcaag-
EST: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAG CEST: gi|192312282|gb|FK005286.1|FK005286
genomic: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAGgtatgcgtat ... gtgcagcaag-
EST: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAG CEST: gi|192312282|gb|FK005286.1|FK005286
genomic: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAGgtatgcgtat ... gtgcagcaag-
EST: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAG C
genomic: TTCTCTATGTTGATGGAACATACGATGTCACTGCTGTTGAGTTGTTTCAGgtatgcgtat ... gtgcagcaag-
tctctcaatgtagtacaaagtttgattcatgaaatgttctgaactgtgcagcaagATTGCCAAGAATGGAAGCCAATGCGCAGGGCATTTGGGGCAATGTTTGACTATAGCAACCCACCAAACGGTGAGATCTACTTGAGGTTCCAAGTGAGTGG
gtttgat putative branch site (score: 5)
aaagttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgtgaagctaaacaagcactaaaagattagttaatttttacttcgtctctcaatgtagtacaaagtttgattcatgaaatgttctgaactgtgcagcaagATTGCCAAGAATGGAAGCCAATGCGCAGGGCATTTGGGGCAATGTTTGACTATAGCAACCCACCAAACGGTGAGATCTACTTGAGGTTCCAAGTGAGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - caagcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tctgaac