Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacacacaagttctttattacttgatcattggtaatggtaacattacaaggactacttgtgtggttaattctttgggatgaaattctgatatggtggttctgatattgcagAGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAACCTAGCTCGTTTTGAGTGGTAACTTGAGTGATCTTCCAAGTCCGGCTGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G13470.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G13470.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv14s0066g00140.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtaacacacaagttctttattacttgatcattggtaatggtaacattacaaggactacttgtgtggttaattctttgggatgaaattctgatatggtggttctgatattgcagAGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAACCTAGCTCGTTTTGAGTGGTAACTTGAGTGATCTTCCAAGTCCGGCTGA
      ||   | ||   |  | |      ||||   | || |  |||| ||  || ||  | |   |||   |   |  |||   | | | ||     |  || | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||   || |||| |  | | |||| | || | |  |       ||  | |   | ||    ||||
---tttcatttgatcacaacaattgatctgttggggctagtgat-ttaccag--cttctcattttagtaaacatacagcctga---ttttacatt----tcttggtgttgcagAGTTTGGATGGCAGGGCAATCAGAGTAAATGTTGCAGAGGAACGGCCGAGGCGTGGCTCCTATTAATTTCTGGAGGTTGTTTTTTGAGAGGTTTACCTGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208299238|gb|GE098009.1|GE098009
EST:     TGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
genomic: TGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaca ... gatattgcagAGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
EST: gi|4287435|gb|AI441189.1|AI441189
EST:     TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
genomic: TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaca ... gatattgcagAGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
EST: gi|31465587|gb|CD407615.1|CD407615
EST:     TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
genomic: TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaca ... gatattgcagAGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
EST: gi|6071786|gb|AW101173.1|AW101173
EST:     TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAA                         AGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCANCCCAAAGGCCTAAA
genomic: TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaca ... gatattgcagAGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
EST: gi|6846786|gb|AW349076.1|AW349076
EST:     TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
genomic: TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaca ... gatattgcagAGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
EST: gi|15286014|gb|BI469905.1|BI469905
EST:     TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAACTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
genomic: TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaca ... gatattgcagAGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
EST: gi|17400637|gb|BM177419.1|BM177419
EST:     TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
genomic: TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaca ... gatattgcagAGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
EST: gi|193356912|gb|FK322278.1|FK322278
EST:     TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGATGGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTT
genomic: TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaca ... gatattgcagAGTTTGGATGGG-AGGGCAATCAGAGTGAATGTT
EST: gi|5510195|gb|AI856579.1|AI856579
EST:     CCTTGATGGTCAG                         ATTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
genomic: CCTTGATGGTCAGgtaacacaca ... gatattgcagAGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
EST: gi|31467356|gb|CD409384.1|CD409384
EST:     TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
genomic: TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaca ... gatattgcagAGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgtgtggttaattctttgggatgaaattctgatatggtggttctgatattgcagAGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAACCTAGCTCGTTTTGAGTGGTAACTTGAGTGATCTTCCAAGTCCGGCTGA
                                         ttctgat  putative branch site (score: 3)
        ttaattcttt  TA-rich tract