Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgaactattaactcttttccatttgtgtgtagccatacaccaggtccatgctcacatttgtaataacaatatttactgttcaatgcttgaagtaattattgtcgttttattcatgtttagCTATGACCTGGAGTTCACAGTAGCATACAATCTTGTGGCTGTCAGTACAGGAAGCTTGCTTTATCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G13080.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G13080.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv17s0000g04200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtatgaactattaactcttttccatttgtgtgtagccatacaccaggtccatgctcacatttgtaata-acaatatttactgttcaatgcttgaagtaattattgtcgttttattcatgtttagCTATGACCTGGAGTTCACAGTAGCATACAATCTTGTGGCTGTCAGTACAGGAAGCTTGCTTTATCAG
               |  |  |  ||||  | |  ||  |      || | |  | || ||    ||  |  |||| |||| |  |    ||    || |||||      || | |||    |||||||| ||||| || ||||| ||  | ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||
--------------gtactaactgtttgattatgccctaatgatttgtacttcgtaactttgaccatttatgatatctactatgaa---tttatgttagttattaca---ttctccatac--agCTATGATCTGGAATTTACAGTGGCCCATAATCTTGTGGCTGTCAGCACTGGAAGCTTACTTTATCAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acaatatttactgttcaatgcttgaagtaattattgtcgttttattcatgtttagCTATGACCTGGAGTTCACAGTAGCATACAATCTTGTGGCTGTCAGTACAGGAAGCTTGCTTTATCAG
 taataac  putative branch site (score: 1)
                                       ttttattc  putative PPT
                                       ttttattcatgttta  TA-rich tract