1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...atgagttctgttgtggcaaatatatatagttagaagagcacagggtaaagtatttaacttttggctgaattttcacaacatatgtatatatgtatttcagGATTCCAATATGGCCTTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCTTCCTTACTTTAGCGGTGCTGCTTATGTTTATGAGCATTATGTGAGACCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G10730.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACTCCTTGATCACACTCTTTGAACTTACCTTTGCTAGAGTGCCTTGAATG GATTCCAATATGGCCTTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCEST: gi|58024372|gb|CX711113.1|CX711113
genomic: ACTCCTTGATCACACTCTTTGAACTTACCTTTGCTAGAGT-CCTTGAATGgtattaaccc ... tgtatttcagGATTCCAATATGGCCTTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCC
EST: TACTCCTTGATCACACTCTTTGAACTTACCTTTGCTAGAGTCCTTGAATG GATTCCAATATGGCCTTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACACTCTTTGAACTTACCTTTGCTAGAGTCCTTGAATGgtattaaccc ... tgtatttcagGATTCCAATATGGCCTTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
taaagtatttaacttttggctgaattttcacaacatatgtatatatgtatttcagGATTCCAATATGGCCTTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCTTCCTTACTTTAGCGGTGCTGCTTATGTTTATGAGCATTATGTGAGACCT
atttaac putative branch site (score: 3)
aacatatgtatatatg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atgagttctgttgtggcaaatatatatagttagaagagcacagggtaaagtatttaacttttggctgaattttcacaacatatgtatatatgtatttcagGATTCCAATATGGCCTTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCTTCCTTACTTTAGCGGTGCTGCTTATGTTTATGAGCATTATGTGAGACCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - -gttgtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggctga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catatgt