1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtaaccacttcactccaaacatgtaatggaattatgcattatttgtgtctctatctatgaccagatttaaatcttaaatttcacaaaatcagttcacttttaatatttatgtttgcacagGTAAAAAGATTTAAGCCTCAACTTGTTGCTGTTAGAAATGAGTCCCTAATTGCTGAACTTAAAGAGGCCTTGCATGACGTTGAAGAAAAACCTGAGATCA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G09740.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGTTGTGGCACTTGCAGCTGGTTCAAATGTTACTCTTCTTGCAGACCAG GTAAAAAGATTTAAGCCTCAACTTGTTGCTGTTAGAAATGAGTCCCTAATTEST: gi|193463754|gb|FK426992.1|FK426992
genomic: AAGTTGTGGCACTTGCAGCTGGTTCAAATGTTACTCTTCTTGCAGACCAGgtaaccactt ... gtttgcacagGTAAAAAGATTTAAGCCTCAACTTGTTGCTGTTAGAAATGAGTCCCTAATT
EST: AAGTTGTGGCACTTGCAGCTGGTTCAAATGTTACTCTTCCTGCAGACCAG GTAAAAAGNTTTAAGCCTCAACTTGTTGCTGTTAGAAATGAGTCCCTAATTEST: gi|10847844|gb|BF070458.1|BF070458
genomic: AAGTTGTGGCACTTGCAGCTGGTTCAAATGTTACTCTTCTTGCAGACCAGgtaaccactt ... gtttgcacagGTAAAAAGATTTAAGCCTCAACTTGTTGCTGTTAGAAATGAGTCCCTAATT
EST: AAGTTGTGGCACTTGCAGCTGGTTCAAATGTTACTCTTCTTGC-GACCAG GT-AAAAGAATTAAGCCTCAACTTGTTGCTGTTAGAAATGAGTCCCTAATTEST: gi|254348363|gb|GR852042.1|GR852042
genomic: AAGTTGTGGCACTTGCAGCTGGTTCAAATGTTACTCTTCTTGCAGACCAGgtaaccactt ... gtttgcacagGTAAAAAGATTTAAGCCTCAACTTGTTGCTGTTAGAAATGAGTCCCTAATT
EST: AAGTTGTGGCACTTGCAGCTGGTTCAAATGTTACTCTTCTTGCAGACCAG GTAAAAAGATTTAAGCCTCAACTTGTTGCTGTTAGAAATGAGTCCCTAATTEST: gi|254316858|gb|GR828395.1|GR828395
genomic: AAGTTGTGGCACTTGCAGCTGGTTCAAATGTTACTCTTCTTGCAGACCAGgtaaccactt ... gtttgcacagGTAAAAAGATTTAAGCCTCAACTTGTTGCTGTTAGAAATGAGTCCCTAATT
EST: AAGTTGTGGCACTTGCAGCTGGTTCAAATGTTACTCTTCTTGCAGACCAG GTAAAAAGATTTAAGCCTCAACTTGTTGCTGTTAGAAATGAGTCCCTAATT
genomic: AAGTTGTGGCACTTGCAGCTGGTTCAAATGTTACTCTTCTTGCAGACCAGgtaaccactt ... gtttgcacagGTAAAAAGATTTAAGCCTCAACTTGTTGCTGTTAGAAATGAGTCCCTAATT
tttaaatcttaaatttcacaaaatcagttcacttttaatatttatgtttgcacagGTAAAAAGATTTAAGCCTCAACTTGTTGCTGTTAGAAATGAGTCCCTAATTGCTGAACTTAAAGAGGCCTTGCATGACGTTGAAGAAAAACCTGAGATCA
ttttaat putative branch site (score: 3)
ttcacttttaatattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaccacttcactccaaacatgtaatggaattatgcattatttgtgtctctatctatgaccagatttaaatcttaaatttcacaaaatcagttcacttttaatatttatgtttgcacagGTAAAAAGATTTAAGCCTCAACTTGTTGCTGTTAGAAATGAGTCCCTAATTGCTGAACTTAAAGAGGCCTTGCATGACGTTGAAGAAAAACCTGAGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA