Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttatggatagatgtggtgatttccttttttgggtgaacaagaaagagtgtataccattgttgttcaattcagtattaattgatattgtaactgctgtagGTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGAACCTGTTGGACTTGAAGTTCTTGTTGATGGAACAGTGCCGACAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G03990.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G03990.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT3G06580.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
cttatggatagatgtggtgatttccttttttgggtgaacaagaaagagtgt-ataccattgttgttcaattcagtattaattgatattgtaactgctgtagGTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGAACCTGTTGGACTTGAAGTTCTTGTTGATGGAACAGTGCCGACAG
      |  ||  ||   | ||     ||| | ||  |  || ||  | |  ||  || | || ||     | |    | |||   ||| |     |  ||||||||||| || ||||| ||||||||||  ||||| |||||| |||||  ||| ||||||||||| || |||||||||||||  || || ||||
------gtaaggggtttcgtttggagctttggtgtctatcaggaactgagagatctcaatattttttgtccctg----agttgcctttg-attcattacagGTACAAAGGATTTCATGAGTATGCAAAGTCAAAAGGTGTGAATCTTGGTTCACCAGTTGGACTTGATGTGCTTGTTGATGGAATTGTTCCTACAG

upper sequence: GLYMA17G03990.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv05s0077g00690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
cttatggatagatgtggtgatttccttttttgggtgaacaagaaagagtgtataccattgttgttcaattcag--tattaattgatattgtaactgctgtagGTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGAACCTGTTGGACTTGAAGTTCTTGTTGATGGAACAGTGCCGACAG
 | ||   |  |  |    ||| | ||  | || || ||  |||    ||| ||   ||| |  |||    |   || |  || || || ||    ||  |||||||||||||   |||| ||||| || || ||||||||  ||||||||| ||| ||||||||||| || ||| ||||||| || || || ||||
ataattagtttacctctccattactttaataggttggactcgaattt-tgt-taatgttgcttgtcaccggaaattaatggttcatcttctacactctacagGTACAAAGGTTATTATGAATATGCTAAATTAAAAGGAGTTGATGTTGGTGTACCAGTTGGACTTGATGTCCTTATTGATGGCACGGTTCCTACAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208156702|gb|GD957250.1|GD957250
EST:     GGGACATTATTTTATATGTGG                         GTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA
genomic: GGGACATTATTTTATATGTGGgtgagtttat ... actgctgtagGTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA
EST: gi|298199023|gb|HO042386.1|HO042386
EST:     GAAATCGACTTGAAGAACCACAAATGGGGACATTATTTTATATGTGG                         GTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA
genomic: GAAATCGACTTGAAGAACCACAAATGGGGACATTATTTTATATGTGGgtgagtttat ... actgctgtagGTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA
EST: gi|209699970|gb|BW661199.1|BW661199
EST:     GAAATCGACTTGAAGAACCACAAATGGGGACATTATTTTATATGTGG                         GTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA
genomic: GAAATCGACTTGAAGAACCACAAATGGGGACATTATTTTATATGTGGgtgagtttat ... actgctgtagGTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA
EST: gi|213611707|gb|DB969095.1|DB969095
EST:     GAAATCGACTTGAAGAACCACAAATGGGGACATTATTTTATATGTGG                         GTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA
genomic: GAAATCGACTTGAAGAACCACAAATGGGGACATTATTTTATATGTGGgtgagtttat ... actgctgtagGTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA
EST: gi|207782813|gb|GD752396.1|GD752396
EST:     GAAATCGACTTGAAGAACCACAAATGGGGACATTATTTTATATGTGG                         GTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA
genomic: GAAATCGACTTGAAGAACCACAAATGGGGACATTATTTTATATGTGGgtgagtttat ... actgctgtagGTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA
EST: gi|298190390|gb|HO032511.1|HO032511
EST:     GAAATCGACTTGAAGAACCACAAATGGGGACATTATTTTATATGTGG                         GTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA
genomic: GAAATCGACTTGAAGAACCACAAATGGGGACATTATTTTATATGTGGgtgagtttat ... actgctgtagGTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA
EST: gi|192321624|gb|FK013968.1|FK013968
EST:     GAAATCGACTTGAAGAACCACAAATGGGGACATTATTTTATATGTGG                         GTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA
genomic: GAAATCGACTTGAAGAACCACAAATGGGGACATTATTTTATATGTGGgtgagtttat ... actgctgtagGTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA
EST: gi|13481495|gb|BG510838.1|BG510838
EST:     GAAATCGACTTGAAGAACCACAAATGGGGACATTATTTTATATGTGG                         GTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA
genomic: GAAATCGACTTGAAGAACCACAAATGGGGACATTATTTTATATGTGGgtgagtttat ... actgctgtagGTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA
EST: gi|19453433|gb|BM954843.1|BM954843
EST:     GAAATCGACTTGAAGAACCACAAATGGGGACATTATTTTATATGTGG                         GTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA
genomic: GAAATCGACTTGAAGAACCACAAATGGGGACATTATTTTATATGTGGgtgagtttat ... actgctgtagGTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA
EST: gi|213597925|gb|DB958306.1|DB958306
EST:     GAAATCGACTTGAAGAACCACAAATGGGGACATTATTTTATATGTGG                         GTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA
genomic: GAAATCGACTTGAAGAACCACAAATGGGGACATTATTTTATATGTGGgtgagtttat ... actgctgtagGTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA
EST: gi|209712397|gb|BW671249.1|BW671249
EST:     GAAATCGACTTGAAGAACCACAAATGGGGACATTATTTTATATGTGG                         GTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA
genomic: GAAATCGACTTGAAGAACCACAAATGGGGACATTATTTTATATGTGGgtgagtttat ... actgctgtagGTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gagtgtataccattgttgttcaattcagtattaattgatattgtaactgctgtagGTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGAACCTGTTGGACTTGAAGTTCTTGTTGATGGAACAGTGCCGACAG
                                        ttgtaac  putative branch site (score: 2)
                     aattcagtattaattg  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cttatggatagatgtggtgatttccttttttgggtgaacaagaaagagtgtataccattgttgttcaattcagtattaattgatattgtaactgctgtagGTACAAAGGTTTCCATGACTATGCAAAGTTGAAAGGAGTGAATGTTGGTGAACCTGTTGGACTTGAAGTTCTTGTTGATGGAACAGTGCCGACAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
cttatgg
- - - - - - tgtggtg
- - - - - - - - - - - - - - -ttgggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagaaaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caattca