Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcttttctcttttttttttaaaatttttttatgaatacaattcttctgcattgctgtggcaaaattataatctctatatatcttaaactatttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G33230.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G33230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT2G31610.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
tcttttctcttttttttttaaaatttttttatgaatacaattcttctgcattgctgtggcaaaattataatctctatatatct-taaactatttgttt--cagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG---------------------------------------------
          |  |  |  | ||| | |  |  |    | | | |||   ||        ||  |   |  ||  ||||  |  |    |||||| |   |||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||                                             
---aacacactgatgatacataatgtgtcgacaaggctattgcatctcttttttcacttgaacttctcatccttaatattgcaatggtatatttgatatacagGGCCTGTTATGGTGTTTTGAGATTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGTGAGGTCATCGTGAGTGGAAAGCTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCCATG

upper sequence: GLYMA16G33230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT5G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
tcttttctcttttttttttaaaatttttttatgaatacaattcttctgcattgctgtggcaaaattataatctctatatatcttaa-actatttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG
  | |  |  |||   ||| || | || |  | ||||    | || ||| ||| | |   |   | | ||| |  ||||  | | | | | | |  |  ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || || || || 
-ttatgttactttaaatttgaactgttctcctaaatatggcttttatgctttgatctcttatgctcagaatgttaatattgcatgatattttgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA

upper sequence: GLYMA16G33230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv11s0016g01380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
---tcttttctcttttttttttaaaatttttttatgaatacaattcttctgcattgctgtggcaaaattataatctctatatatcttaaactatttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG
   | ||  | |||       | |    | |  || | |     |||  | ||| |||||     |    |||| |   | | |  |        | ||| ||||| |||||||||||||| |||||  | ||||||||||| || ||||| ||||||
aagtgttaacacttgccacacttagcaatgtggattagtcacgatctgtttcatggctgt--tcgagccctaatttgcct-tctggttgctgtcctattttagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298198666|gb|HO042029.1|HO042029
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTATAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|7588311|gb|AW704109.1|AW704109
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTATAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|6724618|gb|AW309073.1|AW309073
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|192304937|gb|FG997091.1|FG997091
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTTTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|4306646|gb|AI443934.1|AI443934
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTNTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|23729062|gb|BU762613.1|BU762613
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTATAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|298199176|gb|HO042539.1|HO042539
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTATAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGTCAAGGGTCG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|151396319|gb|EV266196.1|EV266196
EST:     AGGCCGAGTCGCTTCGCTATAAGCTTCTCGGTGGCCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: AGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCC-TCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|15200735|gb|BI424503.1|BI424503
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|298165905|gb|HO008876.1|HO008876
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTATAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|192303929|gb|FG995243.1|FG995243
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|37994367|gb|CF806113.1|CF806113
EST:     CGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|4296474|gb|AI442480.1|AI442480
EST:     CANGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|298197972|gb|HO039511.1|HO039511
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTATAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|193708091|gb|FK641991.1|FK641991
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTGCAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|17021161|gb|BM092195.1|BM092195
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|9259255|gb|BE347463.1|BE347463
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|192303930|gb|FG995244.1|FG995244
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|298167459|gb|HO012722.1|HO012722
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTATAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|192295866|gb|FG992647.1|FG992647
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAAGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|13240303|gb|BG359612.1|BG359612
EST:     AGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCTTCGCCGTTTCGAAG                         G-CTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGGAAGTGGGGCCCAAGGG
genomic: AGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTT-CGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCC-AAGGG
EST: gi|298194508|gb|HO042980.1|HO042980
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTATAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|192305016|gb|FG996134.1|FG996134
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|13563313|gb|BG551533.1|BG551533
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTATAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGGTTTAAGATTTGTGAAGGAAAGTGGTGCC
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCC
EST: gi|208267163|gb|GE064686.1|GE064686
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|7030190|gb|AW459973.1|AW459973
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|58025435|gb|CX712176.1|CX712176
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|192326432|gb|FK017704.1|FK017704
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCGAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|208302423|gb|GE097038.1|GE097038
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|298174790|gb|HO017899.1|HO017899
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTATAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|58015115|gb|CX701857.1|CX701857
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|58022174|gb|CX708915.1|CX708915
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|13788927|gb|BG651518.1|BG651518
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|298197705|gb|HO045184.1|HO045184
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTATAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|192295865|gb|FG992646.1|FG992646
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAAGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|58022463|gb|CX709204.1|CX709204
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|298196144|gb|HO044535.1|HO044535
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTATAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|7146435|gb|AW508357.1|AW508357
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|15337837|gb|BI498493.1|BI498493
EST:     CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTC--AG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTAA
genomic: CAGGCCGAGTCGCTTCGCTACAAGCTTCTCGGTGGCCTCGCCGTTCGCAGgtaattatat ... tttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgcattgctgtggcaaaattataatctctatatatcttaaactatttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG
                                             tttgtttc  CT-rich tract
               aaaattataatctcta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tcttttctcttttttttttaaaatttttttatgaatacaattcttctgcattgctgtggcaaaattataatctctatatatcttaaactatttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgctgt