1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tgttgttgctagcattactacctttatattgcacttggttacagcactagataaatacataaaaataaatttgctggcacttatttttatgcttctatagGGGCGGTTTGAAATTCTTTCCTTGTCTGGTTCATATATAACAACTGAGAATGGATTAACAAAGAGCAGATCTGGTGGTATGAGCATCTCTTTGGCCGGTC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G32940.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGTTACACTACGCCAACCAACTTCTTCTGGTGGTACTTTAACATATGAG GGGCGGTTTGAAATTCTTTCCTTGTCTGGTTCATATATAACAACTGAGAAT
genomic: ATGTTACACTACGCCAACCAACTTCTTCTGGTGGTACTTTAACATATGAGgttagttcag ... gcttctatagGGGCGGTTTGAAATTCTTTCCTTGTCTGGTTCATATATAACAACTGAGAAT
actagataaatacataaaaataaatttgctggcacttatttttatgcttctatagGGGCGGTTTGAAATTCTTTCCTTGTCTGGTTCATATATAACAACTGAGAATGGATTAACAAAGAGCAGATCTGGTGGTATGAGCATCTCTTTGGCCGGTC
tgcttct CT-rich tract
ataaatacataaaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgttgttgctagcattactacctttatattgcacttggttacagcactagataaatacataaaaataaatttgctggcacttatttttatgcttctatagGGGCGGTTTGAAATTCTTTCCTTGTCTGGTTCATATATAACAACTGAGAATGGATTAACAAAGAGCAGATCTGGTGGTATGAGCATCTCTTTGGCCGGTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- -tgttgct
- - - - - -gcattac
- - - - - - - - - - - - - - -tgcactt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctggc