Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcttaaagccttttattttcatcgtctttactatttcttagcttcctggtctgatcttgtttgcaattttatgcagAAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTGGACGTGAGGTTAAAGAAACGGATCGCAAGCCTGTAGAGGCCAAAAGGGC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G32390.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208064835|gb|GD862961.1|GD862961
EST:     AATTAGAGTGTCTTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAG                         AAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
genomic: AATTAGAGTG-C-TCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAGgtatgcttaa ... ttttatgcagAAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
EST: gi|17022972|gb|BM094006.1|BM094006
EST:     TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAG                         AAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGTGTTG
genomic: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAGgtatgcttaa ... ttttatgcagAAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
EST: gi|8285896|gb|BE023455.1|BE023455
EST:     TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAG                         AAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
genomic: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAGgtatgcttaa ... ttttatgcagAAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
EST: gi|51338320|gb|CO982186.1|CO982186
EST:     TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAG                         AAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGTGTTG
genomic: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAGgtatgcttaa ... ttttatgcagAAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
EST: gi|207709644|gb|GD691630.1|GD691630
EST:     TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAG                         AAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
genomic: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAGgtatgcttaa ... ttttatgcagAAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
EST: gi|192296487|gb|FG992323.1|FG992323
EST:     TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAG                         AAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
genomic: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAGgtatgcttaa ... ttttatgcagAAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
EST: gi|14011997|gb|BG726919.1|BG726919
EST:     TAAATTAGAGTGCTCAGCTNACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAG                         AAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
genomic: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAGgtatgcttaa ... ttttatgcagAAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
EST: gi|298196521|gb|HO041264.1|HO041264
EST:     TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAG                         AAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGTGTTG
genomic: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAGgtatgcttaa ... ttttatgcagAAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
EST: gi|21888191|gb|BQ741404.1|BQ741404
EST:     TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAG                         AAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
genomic: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAGgtatgcttaa ... ttttatgcagAAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcgtctttactatttcttagcttcctggtctgatcttgtttgcaattttatgcagAAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTGGACGTGAGGTTAAAGAAACGGATCGCAAGCCTGTAGAGGCCAAAAGGGC
                           gtctgat  putative branch site (score: 4)
     tttactatttctta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgcttaaagccttttattttcatcgtctttactatttcttagcttcctggtctgatcttgtttgcaattttatgcagAAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTGGACGTGAGGTTAAAGAAACGGATCGCAAGCCTGTAGAGGCCAAAAGGGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAA