1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtaatgatggagacttaggtgcattttacttatttttgtgttattacttattagtatatctgaaattgcatttggttatgcactcatggttctaatggcagtgaaacattaattttgaagGTAAAAAGAGTTCAAAAGTATGTTGAAACTCTTGATGTGCTGAAAGTTAAGAATTCTATGCCTAGTAGCAATGGAGACCATGCCCCAGTGCAGCCTCAAC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G32290.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGATGGTATAATGGCTGATGGGGATGTGAAACTACAAAGGAAGATGCAG GTAAGAAGAGTTCAAAAGTATGTTGGAACTGTTGATGTGCTGAAAEST: gi|37995141|gb|CF806730.1|CF806730
genomic: TGGATGGTATAATGGCTGATGGGGATGTGAAACTACAAAGGAAGATGCAGgtaatgatgg ... aattttgaagGTAAAAAGAGTTCAAAAGTATGTTGAAACTCTTGATGTGCTGAAA
EST: TGGATGGTATAATGGCTGATGGGGATGTGAAACTACAAAGGAAGATGCAG GTAAAAAGAGTTCAAAAGTATGTTGAAACTCTTGATGTGCTGAAAGTTAAGEST: gi|254320245|gb|GR829433.1|GR829433
genomic: TGGATGGTATAATGGCTGATGGGGATGTGAAACTACAAAGGAAGATGCAGgtaatgatgg ... aattttgaagGTAAAAAGAGTTCAAAAGTATGTTGAAACTCTTGATGTGCTGAAAGTTAAG
EST: TGGATGGTATAATGGCTGATGGGGATGTGAAACTACAAAGGAAGATGCAG GTAAAAAGAGTTCAAAAGTATGTTGAAACTCTTGATGTGCTGAAAGTTAAGEST: gi|254320244|gb|GR829432.1|GR829432
genomic: TGGATGGTATAATGGCTGATGGGGATGTGAAACTACAAAGGAAGATGCAGgtaatgatgg ... aattttgaagGTAAAAAGAGTTCAAAAGTATGTTGAAACTCTTGATGTGCTGAAAGTTAAG
EST: TGGATGGTATAATGGCTGATGGGGATGTGAAACTACAAAGGAAGATGCAG GTAAAAAGAGTTCAAAAGTATGTTGAAACTCTTGATGTGCTGAAAGTTAAGEST: gi|21888313|gb|BQ741526.1|BQ741526
genomic: TGGATGGTATAATGGCTGATGGGGATGTGAAACTACAAAGGAAGATGCAGgtaatgatgg ... aattttgaagGTAAAAAGAGTTCAAAAGTATGTTGAAACTCTTGATGTGCTGAAAGTTAAG
EST: TGGATGGTATAATGGCTGATGGGGATGTGAAACTACAAAGGAAGATGCAG GTAAAAAGAGTTCAAAAGTATGTTGAAACTCTTGATGTGCTGAAAGTTAAG
genomic: TGGATGGTATAATGGCTGATGGGGATGTGAAACTACAAAGGAAGATGCAGgtaatgatgg ... aattttgaagGTAAAAAGAGTTCAAAAGTATGTTGAAACTCTTGATGTGCTGAAAGTTAAG
ttgcatttggttatgcactcatggttctaatggcagtgaaacattaattttgaagGTAAAAAGAGTTCAAAAGTATGTTGAAACTCTTGATGTGCTGAAAGTTAAGAATTCTATGCCTAGTAGCAATGGAGACCATGCCCCAGTGCAGCCTCAAC
aaacattaattttgaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaatgatggagacttaggtgcattttacttatttttgtgttattacttattagtatatctgaaattgcatttggttatgcactcatggttctaatggcagtgaaacattaattttgaagGTAAAAAGAGTTCAAAAGTATGTTGAAACTCTTGATGTGCTGAAAGTTAAGAATTCTATGCCTAGTAGCAATGGAGACCATGCCCCAGTGCAGCCTCAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA