Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaatattatctttcaatttttaagttttttaatttctgagctatgctcaagtgtatgtaaggatcttgccgaacagtacaccctttattacttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCAGAGAGCCGCAGATTGCGCGCAGCTCTTGCCCATGATTCAGGCCTTGAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G27220.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298171050|gb|HO016082.1|HO016082
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|192330819|gb|FK023048.1|FK023048
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|209706878|gb|BW653144.1|BW653144
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|42723210|gb|CK769109.1|CK769109
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|254330364|gb|GR841629.1|GR841629
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|14126228|gb|BG790666.1|BG790666
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|192322955|gb|FK016686.1|FK016686
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|209716352|gb|BW650751.1|BW650751
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|192325038|gb|FK016164.1|FK016164
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|18040723|gb|BM309017.1|BM309017
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|13480103|gb|BG509446.1|BG509446
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|192325422|gb|FK018378.1|FK018378
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcaagtgtatgtaaggatcttgccgaacagtacaccctttattacttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCAGAGAGCCGCAGATTGCGCGCAGCTCTTGCCCATGATTCAGGCCTTGAAG
                                   ccctttattactttt  CT-rich tract
                                      tttattacttttga  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaatattatctttcaatttttaagttttttaatttctgagctatgctcaagtgtatgtaaggatcttgccgaacagtacaccctttattacttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCAGAGAGCCGCAGATTGCGCGCAGCTCTTGCCCATGATTCAGGCCTTGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - -ttctgag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tatgctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcttgcc