Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...caccactaaatttgatcattaactattcttattatttttatagaaatttgtctacataacattattattactaaaagaaatccaaatgtggggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTTGGGAGTGAAGTTCCCATTTAACCAACCAATGAAGATATACAACAGTTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G26630.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298181242|gb|HO022681.1|HO022681
EST:     ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGT
genomic: ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGT
EST: gi|26057164|gb|CA800078.1|CA800078
EST:     ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGAATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|26057309|gb|CA800223.1|CA800223
EST:     ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|213608142|gb|DB963044.1|DB963044
EST:     ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|10710011|gb|BF009735.1|BF009735
EST:     ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|21257114|gb|BQ454002.1|BQ454002
EST:     ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTC
genomic: ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTC
EST: gi|8826632|gb|BE210362.1|BE210362
EST:     ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACCAGCA-TGACT
genomic: ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAAC-AGCAATGACT
EST: gi|21677422|gb|BQ629773.1|BQ629773
EST:     ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|192325208|gb|FK019109.1|FK019109
EST:     ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|192300515|gb|FG991497.1|FG991497
EST:     ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|37995899|gb|CF807488.1|CF807488
EST:     ACNAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|26058046|gb|CA800960.1|CA800960
EST:     CACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: CACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|151410958|gb|EV280773.1|EV280773
EST:     ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|15815678|gb|BI787953.1|BI787953
EST:     ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGCACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGCTCCAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|18732429|gb|BM527039.1|BM527039
EST:     GGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTAGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: GGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|298197960|gb|HO039499.1|HO039499
EST:     ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|10237640|gb|BE806528.1|BE806528
EST:     ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCA
genomic: ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCA
EST: gi|9204019|gb|BE330243.1|BE330243
EST:     ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAA
genomic: ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAA
EST: gi|7925629|gb|AW831655.1|AW831655
EST:     ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|298174405|gb|HO014550.1|HO014550
EST:     ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCA
genomic: ACAAGAGAATATCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttgtctacataacattattattactaaaagaaatccaaatgtggggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTTGGGAGTGAAGTTCCCATTTAACCAACCAATGAAGATATACAACAGTTTG
                       tactaaa  putative branch site (score: 1)
       tacataacattattat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
caccactaaatttgatcattaactattcttattatttttatagaaatttgtctacataacattattattactaaaagaaatccaaatgtggggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTGTTCAAGAACAGCAATGACTTGGGAGTGAAGTTCCCATTTAACCAACCAATGAAGATATACAACAGTTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- ccactaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaagaaa