Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcacatgctgttttttgaactcactattcatatttcattgtattaccagagttgtaaatcttgcttacaagaaaacttcacaattaacatggtttgtacaattttatagGTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCAATATGGGGCTCCAGGGAATTCTTTAAATTCATCTTTGTGGTTAATCTTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G26110.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G26110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv13s0019g04120.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtatgcacatgctgttttttgaact------cactattcatatt-tcattgtattaccagagttgtaaatcttgcttacaagaaaacttcacaattaacatggtttgtacaattttatagGTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCAATATGGGGCTCCAGGGAATTCTTTAAATTCATCTTTGTGGTTAATCTTC
|||   |||   | |  | | ||||      | |||||  ||   |  || | || || ||  ||    |  | ||       ||| ||     ||   |||||        ||||  ||   |||||||||||| |  |||| || ||| | || |||||||||||||| ||||||||| | || |||||||| || ||||||||||| |||||  |||
gtaca-acaacttctactgtaaactttgcaactctatttttacccttgttatttttcctgaaatgcttttgcttctacttcataaagtt----gttctgatggtcaaacttgttttccagACGGTGGTCAGCACAGTTGGTCTTCTTTTTTTGGGAAAGCTGCTTGAACCCATATGGGGCACTAGAGAATTCTTGAAGTTCATCTTTGTAGTTAACTTTC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7588267|gb|AW704066.1|AW704066
EST:     TTGCCTGGAATCTCATCACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTATATATGGG                         GTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGNGAAGCTGCTTGAACCA
genomic: TTGCCTGGAATCTCATCACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTATATATGGGgtatgcacat ... aattttatagGTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA
EST: gi|192295151|gb|FG986870.1|FG986870
EST:     TTGCCTGGAATCTCATCACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTATATATGGG                         GTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA
genomic: TTGCCTGGAATCTCATCACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTATATATGGGgtatgcacat ... aattttatagGTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA
EST: gi|17022945|gb|BM093979.1|BM093979
EST:     TTGCCTGGAATCTCATCACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTATATATGGG                         GTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA
genomic: TTGCCTGGAATCTCATCACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTATATATGGGgtatgcacat ... aattttatagGTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA
EST: gi|193484251|gb|FK448577.1|FK448577
EST:     TTGCCTGGAATCTCATCACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTATATATGGG                         GTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA
genomic: TTGCCTGGAATCTCATCACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTATATATGGGgtatgcacat ... aattttatagGTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA
EST: gi|15203857|gb|BI426625.1|BI426625
EST:     TTGCCTGGAATCTCATCACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTATATATGGG                         GTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA
genomic: TTGCCTGGAATCTCATCACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTATATATGGGgtatgcacat ... aattttatagGTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA
EST: gi|6501861|gb|AW203220.1|AW203220
EST:     TTGCCTGGAATCTCATTACAGCTGGATATGTTGAACAATCTATATATGGG                         GTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA
genomic: TTGCCTGGAATCTCATCACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTATATATGGGgtatgcacat ... aattttatagGTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taaatcttgcttacaagaaaacttcacaattaacatggtttgtacaattttatagGTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCAATATGGGGCTCCAGGGAATTCTTTAAATTCATCTTTGTGGTTAATCTTC
                           aattaac  putative branch site (score: 2)
                                      tttgtacaattttata  TA-rich tract