Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgtattgtattgcatttagtgagctacattttgttggggtccagctagtgtattattgtgttttgatgtgtaagagatagagattacagaatcttatattgcagtgttgcacatgtaactttaatgtgctttttgtccgtagAAATGGTGGTTGGTGTATGCACGATGAAGCTGCAACACACTACATAGACATGATTGATCAAACCACTTTGGGCCATCGCTTTATCAAGGACCAGTTTAAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G23600.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G23600.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv04s0023g03650.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtacgtattgtattgcatttagtgagctacattttgttggggtccagctagtgtattattgtgttttgatgtgtaagagatagagattacagaatcttatattgcagtgttgcacatg-taactttaatgtgc-tttttgtccgtagAAATGGTGGTTGGTGTATGCACGATGAAGCTGCAACACACTACATAGACATGATTGATCAAACCACTTTGGGCCATCGCTTTATCAAGGACCAGTTTAAC
                                       |  | ||| ||||  |      ||||   ||||||      |   ||||        |||| ||    ||  ||||||| |||     |  ||| | |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||   || ||||| ||||||||||| || || ||  | || |||||||| || ||| |   ||| |||
---------------------------------------gtatgcagttagtaaagctgcttgtt---atgtgttt----tcatgattggtagcctttatgttctcatgg-gcacatgataatagatagatgcatctttgtcctcagAAATGGTGGTTGGTGTATGCATGATGAGGCTACAGTCCATTACATTGACATGATTGACCAGACAACCCTAGGTCATCGCTTGATAAAGAAGGCGTTCAAC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agaatcttatattgcagtgttgcacatgtaactttaatgtgctttttgtccgtagAAATGGTGGTTGGTGTATGCACGATGAAGCTGCAACACACTACATAGACATGATTGATCAAACCACTTTGGGCCATCGCTTTATCAAGGACCAGTTTAAC
                                         ctttttgtcc  CT-rich tract
                            taactttaat  TA-rich tract