Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaagctaaattcttcaatcattaatttgatgattatgtgcaaattttatttattttatggtcatcattaccttgtaagtagtaaacattgaagtttgagattgtttacatccctaattttgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTCCATTCTTGCCCATTGTGAGGGAGAAGCCAACTGTTGACCTTGTTAAGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G17370.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208054633|gb|GD850612.1|GD850612
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: gi|208165075|gb|GD965779.1|GD965779
EST:     ACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
genomic: ACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: gi|254339157|gb|GR847874.1|GR847874
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: gi|209719490|gb|BW650995.1|BW650995
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: gi|20207618|gb|BQ133707.1|BQ133707
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: gi|16348456|gb|BI974051.1|BI974051
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: gi|208110520|gb|GD913124.1|GD913124
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: gi|7639316|gb|AW733641.1|AW733641
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: gi|5688362|gb|AI941377.1|AI941377
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: gi|207789687|gb|GD763429.1|GD763429
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: gi|120529623|gb|EH257757.1|EH257757
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: gi|23726992|gb|BU761509.1|BU761509
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCT
EST: gi|6915365|gb|AW396895.1|AW396895
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: gi|13240430|gb|BG359739.1|BG359739
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTATCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: gi|208069895|gb|GD867940.1|GD867940
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: gi|9204549|gb|BE330773.1|BE330773
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCATGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: gi|254338648|gb|GR849959.1|GR849959
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: gi|193562396|gb|FK518185.1|FK518185
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATG
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTA-GCCTTGAAGAGCTGGCAAATG
EST: gi|193567522|gb|FK524237.1|FK524237
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAGGAGCTGG
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGG
EST: gi|208188475|gb|GD984741.1|GD984741
EST:     GCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
genomic: GCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: gi|18040171|gb|BM308465.1|BM308465
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: gi|12688119|gb|BG154455.1|BG154455
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTACAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: gi|208175833|gb|GD977242.1|GD977242
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTC
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTC
EST: gi|208135724|gb|GD936681.1|GD936681
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGG
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGG
EST: gi|26047262|gb|CA784114.1|CA784114
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: gi|151402405|gb|EV272218.1|EV272218
EST:     CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: gi|17400476|gb|BM177258.1|BM177258
EST:     CTACAAGGCTNAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG                         GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
genomic: CTACAAGGCT-AAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taagtagtaaacattgaagtttgagattgtttacatccctaattttgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTCCATTCTTGCCCATTGTGAGGGAGAAGCCAACTGTTGACCTTGTTAAGG
                                    ccctaat  putative branch site (score: 3)
                                          ttttgcttt  CT-rich tract
                                       taatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaagctaaattcttcaatcattaatttgatgattatgtgcaaattttatttattttatggtcatcattaccttgtaagtagtaaacattgaagtttgagattgtttacatccctaattttgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTCCATTCTTGCCCATTGTGAGGGAGAAGCCAACTGTTGACCTTGTTAAGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC