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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttaaatgtcaaaattgtcaattgtttgttctctttgttttggacaaaccgtggaaagttctcttctcttggtaatgatcttcattggaatttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGTCGCTTAGGTTCATCTAAGCAAATGGAGGATCTTTACTTTTCTGCAATTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G17150.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298171364|gb|HO016396.1|HO016396
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|9986447|gb|BE660555.1|BE660555
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|23731779|gb|BU764032.1|BU764032
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|6455064|gb|AW185747.1|AW185747
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|298173936|gb|HO017272.1|HO017272
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|9986449|gb|BE660557.1|BE660557
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|5770415|gb|AI973589.1|AI973589
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|9986446|gb|BE660554.1|BE660554
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|6667580|gb|AW279031.1|AW279031
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|192301230|gb|FG990180.1|FG990180
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|6455714|gb|AW186397.1|AW186397
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|163921421|gb|EH038959.1|EH038959
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAAAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|7588006|gb|AW703811.1|AW703811
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGGAGGAGGAT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGG-AGGAGGAT
EST: gi|151395749|gb|EV265626.1|EV265626
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCTTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|298199322|gb|HO042685.1|HO042685
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTCCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|6341667|gb|AW164491.1|AW164491
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|5342496|gb|AI794780.1|AI794780
EST:     GATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGTAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: GATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|7589352|gb|AW705128.1|AW705128
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|9986448|gb|BE660556.1|BE660556
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|9986450|gb|BE660558.1|BE660558
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|6668142|gb|AW279593.1|AW279593
EST:     CTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: CTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|5753593|gb|AI960880.1|AI960880
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|6667990|gb|AW279441.1|AW279441
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|9899585|gb|BE608553.1|BE608553
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|7589167|gb|AW704947.1|AW704947
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|6070716|gb|AW100103.1|AW100103
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|6454121|gb|AW184869.1|AW184869
EST:     GTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|9986445|gb|BE660553.1|BE660553
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|6724637|gb|AW309092.1|AW309092
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAG                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
EST: gi|5753417|gb|AI960704.1|AI960704
EST:     TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAC                         GGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT
genomic: TTGACAACGGATTTGAAGAAGGGATTAAGAACTGGATTGTTCACATTGAGgtatgtcttt ... tttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaccgtggaaagttctcttctcttggtaatgatcttcattggaatttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGTCGCTTAGGTTCATCTAAGCAAATGGAGGATCTTTACTTTTCTGCAATTT
                                             tttatttt  CT-rich tract
                                      attggaatttatttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cttaaatgtcaaaattgtcaattgtttgttctctttgttttggacaaaccgtggaaagttctcttctcttggtaatgatcttcattggaatttattttagGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTAGAGAGTTGCCTTTACCGTAAGGATAGTCGCTTAGGTTCATCTAAGCAAATGGAGGATCTTTACTTTTCTGCAATTT

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- - - - - - - - - - - tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acaaacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttcatt