1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...aggaaaatgttgtagcacgatgtcagcaattttattttaagttgtttgttatggaatggttgatacttgatactgaccttattctatgttaatgtctcagATTATGTGTTGGAGGGAAGTGAAGGAACACCTTTTGCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G01680.2 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGTTTCTCATGTTGTGGCTCGTCCTTCACCGAGTGATATTCTTGAGTGGC ATTATGTGTTGGAGGGAAGTGAAGGAACACCTTTTGCAGEST: gi|16349197|gb|BI974792.1|BI974792
genomic: AGTTTCTCATGTTGTGGCTCGTCCTTCACCGAGTGATATTCTTGAGTGGCgtaagtttgt ... aatgtctcagATTATGTGTTGGAGGGAAGTGAAGGAACACCTTTTGCAG
EST: AGTTTCTCATGTTGTGGCTCGTCCTTCACCGAGTGATATTCTTGAGTGGC ATTATGTGTTGGAGGGAAGTGAAGGAACACCTTTTGCAGEST: gi|151399625|gb|EV269496.1|EV269496
genomic: AGTTTCTCATGTTGTGGCTCGTCCTTCACCGAGTGATATTCTTGAGTGGCgtaagtttgt ... aatgtctcagATTATGTGTTGGAGGGAAGTGAAGGAACACCTTTTGCAG
EST: AGTTTCTCATGTTGTGGCTCGTCCTTCACCGAGTGATATTCTTGAGTGGC ATTATGTGTTGGAGGGAAGTGAAGGAACACCTTTTGCAGEST: gi|192330701|gb|FK022314.1|FK022314
genomic: AGTTTCTCATGTTGTGGCTCGTCCTTCACCGAGTGATATTCTTGAGTGGCgtaagtttgt ... aatgtctcagATTATGTGTTGGAGGGAAGTGAAGGAACACCTTTTGCAG
EST: AGTTTCTCATGTTGTGGCTCGTCCTTCACCGAGTGATATTCTTGAGTGGC ATTATGTGTTGGAGGGAAGTGAAGGAACACCTTTTGCAGEST: gi|13790033|gb|BG652624.1|BG652624
genomic: AGTTTCTCATGTTGTGGCTCGTCCTTCACCGAGTGATATTCTTGAGTGGCgtaagtttgt ... aatgtctcagATTATGTGTTGGAGGGAAGTGAAGGAACACCTTTTGCAG
EST: AGTTTCTCATGTTGTGGCTCGTCCTTCACCGAGTGATATTCTTGAGTGGC ATTATGTGTTGGAGGGAAGTGAAGGAACACCTTTTGCAGEST: gi|298194643|gb|HO043115.1|HO043115
genomic: AGTTTCTCATGTTGTGGCTCGTCCTTCACCGAGTGATATTCTTGAGTGGCgtaagtttgt ... aatgtctcagATTATGTGTTGGAGGGAAGTGAAGGAACACCTTTTGCAG
EST: AGCTTCTCATGTTGTGGCTCGTCCTTCACCGAGTGATATTCTTGAGTGGC ATTATGTGTTGGAGGGAAGTGAAGGAACACCTTTTGCAGEST: gi|19936822|gb|BQ081027.1|BQ081027
genomic: AGTTTCTCATGTTGTGGCTCGTCCTTCACCGAGTGATATTCTTGAGTGGCgtaagtttgt ... aatgtctcagATTATGTGTTGGAGGGAAGTGAAGGAACACCTTTTGCAG
EST: AGTTTCTCATGTTGTGGCTCGTCCTTCACCGAGTGATATTCTTGAGTGGC ATTATGTGTTGGAGGGAAGTGAAGGAACACCTTTTGCAGGTGGATAT
genomic: AGTTTCTCATGTTGTGGCTCGTCCTTCACCGAGTGATATTCTTGAGTGGCgtaagtttgt ... aatgtctcagATTATGTGTTGGAGGGAAGTGAAGGAACACCTTTTGCAGGTGGATAT
ttgttatggaatggttgatacttgatactgaccttattctatgttaatgtctcagATTATGTGTTGGAGGGAAGTGAAGGAACACCTTTTGCAG
ttattctatgttaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aggaaaatgttgtagcacgatgtcagcaattttattttaagttgtttgttatggaatggttgatacttgatactgaccttattctatgttaatgtctcagATTATGTGTTGGAGGGAAGTGAAGGAACACCTTTTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA